知识生产模式快速转型的背景下，跨学科研究作为解决社会重大问题和传统学科取得突破性进展的内在要求，在知识生产领域表现出强大的生命力。然而，基于单一学科和跨学科结构的科研模式之间存在多个层面的张力，给跨学科研究的长足发展带来诸多挑战。这一现象源于基于单一学科和跨学科结构的知识生产模式之间相互依存却又相互矛盾的关系，即“跨学科悖论”。剖析这一矛盾关系，有利于深入了解跨学科研究发展的动力机制，理解其发展困境的呈现形态与内在成因，对促进跨学科研究的发展具有重要意义。因此，从“悖论”的管理学定义出发，对“跨学科悖论”的概念进行界定；从科学知识生产体系功能的视角，对“跨学科悖论”的成因进行分析；根据“制度性—认知性—主体性—组织性”的四维分析框架，对“跨学科悖论”的多层次内涵进行分析；以跨学科研究不同阶段的实践挑战为线索，分析“跨学科悖论”带来的影响。最后，面向不同维度的“跨学科悖论”，从制度设计、认知要素整合、多元主体参与、组织结构创新等维度，提供“跨学科悖论”的应对策略。