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随着分子生物学技术的发展，如限制性酶切片段长度多态性（RFLP），随机扩增多态性DNA（PAPD），扩增片段长度多态性（AFLP）等；分子标记技术已经用于植物种质资源和系统发育的研究。目前，报道的大多从是植物叶片中提取DNA且方法众多，技术较为成熟，但这些方法多采用幼嫩的植物叶片进行总DNA的提取，而适用于成熟果实或市售干品中药材基因组DNA提取方法比较少。现代研究已证明，从山茱萸原药材中提取到总DNA来进行相关研究，并运用分子标记技术对山茱萸药材进行鉴定是一个非常具有实际应用价值的方向。