对湛江等鞭金藻的18SrRNA基因序列进行测定,获得1 712bp的DNA序列。应用DNAMAN和DNAstar生物软件,将获得的DNA序列与GenBank中的球等鞭金藻18SrRNA基因序列进行DNA序列和RNA二级结构对比。DNA序列分析显示,两者的18SrRNA基因序列非常保守,相似性为99.77%,湛江等鞭金藻在分类地位上应为球等鞭金藻;RNA二级结构分析显示,两者的RNA二级结构既存在球等鞭金藻种的特异性茎环结构,又存在明显的差异,这为球等鞭金藻种下水平的研究提供了一种新的研究方式。由此可见,单纯的18SrRNA基因序列分析可能不适用于球等鞭金藻种下水平的研究,但是其RNA二级结构分析对球等鞭金藻的物种鉴定,甚至是种下水平的研究都具有非常重要的意义。