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交易成本理论从成本角度分析企业边界形成与变迁，企业能力理论则采用比较利益的方法从收入角度分析。短期中，如果企业能力有很大的差异，交易成本降低，位于价值链中上下游的企业将趋于专业化生产；如果企业能力均匀分布，交易成本降低，对专业化生产没有影响。长期中，企业能力、交易成本、企业边界形成互动循环的演化机制，并且在竞争过程中实现自然选择，引起产业组织演化。