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跨区域科技协同创新系统是应对国际科技竞争、解决区域发展问题的必然选择。跨区域科技创新系统属于中观层次的创新系统，跨越省级行政区配置资源和开展创新活动，并产生单个区域所不能获得创新绩效。跨区域科技协同创新系统具有高度复杂性、开放性、非平衡性、非线性作用等特征，系统的运行机制表现为：以创新主体的合作意愿与协作能力为内因，以环境变量、资源变量、链接变量等为外因，内外因协调作用共同促进系统的运行。