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对实验确定的168条σ54启动子序列进行保守性分析，获得两个保守的区域-24区域和-12区域，均为最保守的功能元件。选取保守性最大的17个保守位点的三联体频数作为参数，引入伪计数构建位置权重矩阵，对168条σ54启动子进行预测，分别从编码区和汇聚非编码区共选取168条序列组成阴性集。使用Jackknife交叉验证法对模型进行检验，整体准确度达到82.0%，为σ54启动子的理论和实验研究提供新信息。