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在砖茶加工过程中微生物对砖茶品质有重要影响。茯砖茶中的冠突散囊菌（Eurotium cristatum （Raper ＆ Fennell） Malloch ＆ Cain；也称“金花菌”）直接影响茯砖茶的品质，而康砖茶和青砖茶中却被认为不含“金花菌”。但是，有研究指出，康砖、青砖等砖茶中都含有多种真菌，康砖茶品质主要是湿热和微生物作用引起内含物变化而形成。然而这些微生物的种类、生物学特性以及它们在砖茶加工过程中的作用，未见后续报道。