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实行校、院二级管理体制是现代大学内部管理体制改革的必然趋势,厘清校、院二级管理运行机制,理顺行为主体的责、权、利关系,是现代大学提升办学水平的有效保障。文章从影响校、院二级管理成效的关键因素入手,解析矩阵式校、院二级管理运行机制,提倡双向、双重绩效,构建现代大学制度下的校长负责、教授治学、民主管理,真正实现学术管理与行政管理的生态平衡。