吉林番茄黄化曲叶病毒分离物的检测及其DNAA全基因组序列分析

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  摘要从吉林省松原市田间表现黄化曲叶症状的番茄上分离到病毒分离物JLSY,基因组全序列测定结果表明,基因组全长2781 bp,共编码6个ORF。序列比对表明,JLSY基因组与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)安徽分离物(FN650807)相似性最高,为99.5%,而与其他双生病毒的序列相似性低于89%。经系统进化分析,该病毒分离物属于TYLCV以色列株系(TYLCVIL)。这是首次在我国吉林省检测到番茄黄化曲叶病毒。
  关键词吉林省;番茄黄化曲叶病毒;分子鉴定;双生病毒
  中图分类号:S 436.412.11文献标识码:ADOI:10.3969/j.issn.05291542.2014.02.014Molecular identification and DNAA gene sequence analysis
  of TYLCV isolates from Jilin ProvinceWang Xiang1,Li Gang1,Zhao Liming1,Liu Jinliang2,Xin Zhimei3,Zhu Xiaoping1(1. College of Plant Protection, Shandong Agricultural University, Tai’an271018, China;
  2. Agronomy Department, Jilin University, Changchun130062, China; 3. Institute of
  Plant Protection, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Ji’nan250100, China)AbstractA virus isolate JLSY was obtained from tomato plants with symptoms of leaf curl and yellowing in Songyuan, Jilin Province. Complete nucleotide sequence of the genome of JLSY was determined to be 2781 nucleotides encoding 6 ORFs. Sequence analysis showed the complete genomic sequence of JLSY has highest identity of 99.5% with tomato yellow leaf curl virus isolate of Anhui (FN650807), while less than 89% nucleotide sequence identities with other Begomoviruses. Phylogenic analysis results indicated that JLSY is an isolate of the tomato yellow leaf curl virus Israel strain (TYLCVIL). This is the first report of tomato yellow leaf curl virus in Jilin Province.
  Key wordsJilin Province;TYLCV;molecular identification;geminiviruses 番茄黄化曲叶病毒病(Tomato yellow leaf curl virus disease,TYLCVD)是番茄生产中的一种毁灭性病害,于1934-1940年在以色列发现[1],是由双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)的番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)侵染引起的病害。多数Begomovirus基因组含有2条DNA分子,称为DNAA和DNAB,每条分子大小为2.5~3.0 kb,共编码6~7个开放阅读框(ORFs),TYLCV等少数Begomovirus只编码一条DNAA链,大小2.7 kb,编码6个ORFs[2]。20世纪90年代中期,双生病毒的传毒媒介B型烟粉虱和Q型烟粉虱陆续入侵我国,入侵后种群迅速扩张,成为了危害番茄、黄瓜、辣椒、茄子、甘蓝等蔬菜,以及烟草、棉花、番木瓜等数十种重要经济作物的头号“杀手”[35]。2006年在上海、江苏和浙江等省相继发现了番茄黄化曲叶病毒病,随后南方各省迅速扩展至北方的山东、河南、河北、北京、内蒙古等地的保护地蔬菜种植区,在番茄上造成了严重损失[67]。
  番茄黄化曲叶病毒病在保护地番茄广泛种植的华东和华北全面暴发,而最北端的东北地区只在辽宁省有零星报道,且多集中于辽南地区[810],辽宁以北的吉林和黑龙江至今未见该病害的报道。自2012年下半年以来,在吉林省的番茄产区陆续发现番茄植株表现矮化、叶片黄化及卷曲等症状且给番茄生产造成严重损失。本研究对以上地区表现矮化、叶片黄化、卷曲和皱缩症状的番茄进行了病原分子鉴定和序列分析,确認番茄黄化曲叶病毒病的发生范围。通过对吉林省各地保护地番茄进行TYLCV病毒的检测和鉴定,首次在吉林省保护地番茄上分离到该病毒并进行了全基因组序列测定和分析,也是目前国内最北端地区该病毒病害发生的报道。
  40卷第2期王祥等:吉林番茄黄化曲叶病毒分离物的检测及其DNAA全基因组序列分析20141材料和方法
  1.1毒源样品采集
  2012年7月在吉林省蔬菜保护地内共采集135份番茄样品,其中长春市40份,辽源市5份,通化市5份,白山市10份,延边朝鲜族自治州延吉市、延边朝鲜族自治州敦化市16份,吉林市14份,松源市5份,白城市28份,四平市12份。
  1.2样品DNA提取及PCR检测
  根据Xie等[11]报道的方法提取具有疑似症状的和健康的番茄总DNA。样品检测采用PCR技术。根据双生病毒基因组间隔区和外壳蛋白保护区序列设计的一对引物PA和PB[11],扩增DNAA部分序列。PCR反应条件:94 ℃ 3 min,1个循环;94 ℃ 45 s,55 ℃ 50 s,72 ℃ 90 s,30个循环;72 ℃ 10 min,4 ℃保存,将PCR扩增产物克隆到载体pMD18T(TaKaRa公司),选阳性克隆,送博尚公司测序。所用引物见表1。
  表1克隆JLSY DNAA 所用引物1)
  Table 1Primers used for cloning of JLSY DNAA引物
  Primer 序列 (5′3′)
  Sequence位置
  Position in DNAAPATAATATTACCKGWKGVCCSC2738~13PBTGGACYTTRCAWGGBCCTTCACA518~494SYFTGAGGAAACTTACGAGCC231~248SYRCGCAAGTATCAATCAAGGT1599~1581ZYFTGCCTCTAATCCAGTGTATGC1018~1038ZYRAACCTAGAAACCCCAAC2522~2506XYFCTCCAAAATCAATGAAGTCTCC2279~2300XYRGGGCTCGTAAGTTTCCTC249~232
  
  1) B=C, T or G; K=G or T; R=A or G; S=C or G; V=A, C or G; W=A or T;Y=C or T.1.3DNAA全序列扩增及序列测定
  对于检测的阳性样品,根据已测序列,在GenBank上比对找到相似度最高的序列,在保守的区域设计3对引物,3对引物边界有重叠,涵盖DNAA全部序列,扩增阳性样品的DNAA全序列。PCR反应条件:94 ℃ 3 min,1个循环;94 ℃ 45s,55~57 ℃ 50s,72 ℃ 2 min,30个循环;72 ℃ 10 min,4 ℃保存。将PCR扩增产物克隆到载体pMD18T(TaKaRa公司),选阳性克隆,送博尚公司测序。所用克隆引物见表1。
  1.4序列分析
  应用DNAMAN软件将测序结果进行拼接,拼接后的全序列上传到GenBank上,并进行BLAST分析。选取已经登录的中国各地和世界各地区各株系代表性番茄黄化曲叶病毒序列(表3),采用DNA STAR、Clustal W等方法进行多序列比较分析;以甜瓜曲叶病毒(Melon leaf curl virus)为外组构建系统进化树,用Clustal W对序列进行对比分析。用MEGA 4软件,采用Kimura 2parameter距离矩阵、邻位法(NJ)构建系统树,系统树各分支置信度(Bootstrap)进行1 000次重复分析。
  2结果与分析
  2.1样品PCR检测结果
  利用双生病毒通用引物PA和PB对135份样品总DNA进行PCR检测,结果(表2)表明:仅在吉林松源一个番茄种植棚的5份番茄样品中扩增出约535 bp的特异性条带。病毒分离物命名为JLSY。2.2TYLCVJLSY基因组的全序列及结构
  利用DNAMAN软件拼接获得的3个序列后发现,JLSY全长为2781个核苷酸(EMBL登录号: KC702798)。JLSY的DNAA共编码6个开放阅读框,病毒链编码2个开放阅读框,编码AV1(CP)和AV2,反义互补链有4 个开放阅读框,编码AC1(Rep)、AC2、AC3和AC4,以及开放阅读框AV2和AC1之间(对应核苷酸2617-147 nt)含有一个长313 nt非编码的基因共同区(intergenic region, IR)。IR区含有TYLCV复制和转录所需要的各种顺式元件,如含有保守的9 个核苷酸(TAATATTAC)序列的茎环结构。表2吉林省番茄样品检测结果1)
  Table 2The detection result of tomato samples in Jilin Province采集时间/年月日
  Collection date采集地点
  Collection site样品症状
  Symptoms阳性样品数/总样品数
  Positive/Total检测结果
  Result20120629长春市绿园区 Lvyuan, Changchun 叶片皱缩 Leaf crinkle0/10-20120629长春市双阳区
  Shuangyang, Changchun叶片皱缩 Leaf crinkle0/8-20120629长春市榆树市 Yushu, Changchun 叶片卷曲 Leaf curl0/10-20120701长春市农安县
  Nong’an County, Changchun 叶片皱缩 Leaf crinkle0/12-20120701辽源市陇山区 Longshan, Liaoyuan 叶片卷曲 Leaf curl0/5-20120701通化市通化县
  Tonghua County, Tonghua 叶片皱缩 Leaf crinkle0/5-20120702白山市江源区 Jiangyuan, Baishan叶片皱缩 Leaf crinkle 0/10-20120702延边朝鲜族自治州延吉市
  Yanji, Yanbian 叶片卷曲 Leaf curl0/6-20120702延边朝鲜族自治州敦化市
  Dunhua, Yanbian 叶片皱缩 Leaf crinkle 0/10-20120703吉林市蛟河市 Jiaohe, Jilin 叶片皱缩 Leaf crinkle0/4-20120703吉林市船营区 Chuanying, Jilin叶片卷曲 Leaf curl0/10-20120703松原市 Songyuan叶片皱缩、黄化、矮化
  Leaf crinkle, yellowing, dwarfing5/5 20120704白城市大安市 Da’an, Baicheng叶片皱缩 Leaf crinkle0/10-20120704白城市 Baicheng叶片皱缩 Leaf crinkle0/8-20120705白城市洮北区 Zhaobei, Baicheng 叶片皱缩 Leaf crinkle0/10-20120705四平市 Siping叶片卷曲 Leaf curl0/12-
  
  1)“ ”:阳性;“-”:阴性。
  “ ”: Positive; “-”: Negative.
  
  2.3TYLCVJLSY与其他双生病毒序列的比较分析
  病毒分离物JLSY的DNAA基因全序列通过BLAST分析,结果显示序列与TYLCV相似性最高。将其与中国不同地区和国外部分地区的双生病毒进行相似性比较,样品JLSY与国内的TYLCV各分离物的相似性最高(97.1%~99.5%),其中与安徽分离物(TYLCVAnhui, FN650807) 相似性最高为99.5%,而与其他双生病毒的相似性均在89%以下。双生病毒科病毒全基因组核苷酸序列相似性小于89%,往往定位不同的病毒,大于89%则认为是同一病毒的不同株系[1214],因此确定JLSY为番茄黄化曲叶病毒的一个分离物。
  为了更好地分析其系统进化关系,选取全国不同地区有代表性的分离物以及涵盖TYLCV各株系的国外其他地区番茄黄化曲叶病毒的分离物,以甜瓜曲叶病毒(Melon leaf curl virus)为外组构建系统进化树(图1)。通过进化树可以看出,吉林松原分离物TYLCVJLSY与国内山东、河北、天津地区的TYLCV聚为一个进化枝,同属于番茄黄化曲叶病毒以色列株系(TYLCVIL)。表3TYLCVJLSY與其他引起番茄黄化曲叶
  病毒的双生病毒DNAA序列一致性比较
  Table 3Comparison of nucleotide sequence identities of
  DNAA between TYICVJLSY and other Begomovirus isolates分离物
  Isolate分离地点
  Location登录号
  Accession no.一致性/%
  IdentityTYLCVAnhui安徽 AnhuiFN65080799.5TYLCVHangzhou杭州 HangzhouFN25289099.3TYLCVTianjin天津 TianjinGU56333099.2TYLCVShaanxi陕西 ShaanxiJN41285499.2TYLCVBeijing北京 BeijingGU98385998.6TYLCVNanjing南京 NanjingFN25625998.4TYLCVHBQX河北 HebeiJQ00404698.0TYLCVSDHZ山东 ShandongHQ70286398.0TYLCVSDJN山东 ShandongJN99092798.0TYLCVIL埃及 EgyptAY59417497.8TYLCVHBRY河北 HebeiJQ00404797.7TYLCVSDCL山东 ShandongJQ03824097.4TYLCVHBBD河北 HebeiJN99092297.3TYLCVHNWH河南HenanJQ03823797.3TYLCVHNKF河南 HenanJQ00404997.2TYLCVHBDZ河北 HebeiJQ00404597.1TYLCVPortugal意大利 ItalyAF10597592.5TYLCVMild西班牙 SpainAF07122892.4TYLCVTokai日本 JapanAB43984292.1TYLCVIR伊朗 IranAJ13271191.2TYLCVKW2阿曼苏丹国 OmanJN60448591.1TYLCVKer伊朗 IranGU07644889.5TYLCVAlb23阿曼苏丹国OmanFJ95670389.3TYLCVGez苏丹 SudanAY04413889.0TYLCSVSardinia撒丁岛SardiniaX6115377.6PaLCuCNVZM1河南 HenanEU87438676.1PaLCuCNVMC河南 HenanJX55597976.0Melon leaf curl virus巴基斯坦 PakistanAM49497668.1图1TYLCVJLSY与其他番茄黄化曲叶病毒系统进化树
  Fig.1Phylogenetic tree based on DNAA of TYLCVJLSY and other 28 begomoviruses species or isolates
  
  3讨论
  双生病毒给我国造成巨大的经济损失[15]。我国南方地区云南、广西、广东、福建、海南、浙江、上海和台湾等地已发现了苘麻花叶病毒(Abutilon mosaic virus)、中国南瓜曲叶病毒(Squash leaf curl virusChina)、中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virusChina)等约30 多种双生病毒,主要寄主植物为番茄、烟草、番木瓜和南瓜等多种作物以及杂草[1617]。在我国华北、华东地区双生病毒病的发生局限于保护地种植区域,目前报道的仅有番茄黄化曲叶病毒和中国番木瓜曲叶病毒两种,其中番茄黄化曲叶病毒占主导地位。中国番木瓜曲叶病毒分离物仅在云南、广西、广州等地有报道[1820]。
  番茄黄化曲叶病毒不能通过摩擦传毒,只能以烟粉虱以持久性方式传播。随着华北、华东地区大力发展设施蔬菜以及气候的变化,保护地的生态环境为烟粉虱提供了越冬场所,造成了该病害的大面积暴发,带来严重的经济损失[21]。随着东北地区设施农业的快速发展,也为烟粉虱提供了越冬场所,番茄黄化曲叶病毒大面积暴发的可能性大大增加。病毒分离物JLSY与杭州、安徽、山东、河北、天津分离物的亲缘关系最近,而且吉林省的番茄种苗主要从天津、山东等地区调运,因此,推测吉林松原地区的病毒样品可能是浙江地区的病毒以烟粉虱为媒介传播到山东、天津等地区,后随种苗调运传播而来。
  迄今,吉林省番茄种植面积1万hm2。其中,保护地番茄种植面积已达6 667 hm2以上,占保护地蔬菜种植面积的第1位。近年来,保护地番茄栽培形成了日光温室冬春季栽培、早春塑料大棚栽培和保护地秋延后栽培等多种茬口。目前,吉林番茄已出现番茄黄化曲叶病疫情,因此,应采取及时有效的防范措施,如加大对种苗的检测、完善栽培方法等,保障温室番茄的安全生产。
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摘要:为初步明确大豆田反枝苋对咪唑乙烟酸的抗药性水平,并从分子角度对抗药性机制进行解释,以我国四川成都和黑龙江嫩江采集的反枝苋种子为材料,通过琼脂法检测了反枝苋对咪唑乙烟酸的抗药性水平,并分别对R(嫩江抗性种群)和S(成都敏感种群)的乙酰乳酸合成酶(ALS)部分序列进行扩增和测序。皿内生测结果表明,成都种群的GI50为11.20,嫩江种群的GI50为52.26,其抗药性指数RI为4.67。分子检测
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唐代名臣柳公绰从小非圣贤书不读,在自我修养上很下功夫。有些别人看来不起眼的小事,他却看得很重。有一年,发生天灾,粮食歉收,老百姓多吃不饱饭,这对家境富裕的柳家来说,并不是什么问题。可柳公绰则不然,虽然衣食无忧,他却有一种“忧天下之忧”的情怀,自觉减少了粮食消费,每顿饭不超过一碗,只吃个半饱,一直到丰年,才恢复了原来的饭量。有人不太理解,曾问他为什么要这么做,他回答说:“四方的人都困苦饥饿,我能一个