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对41株经同工酶初步鉴定的中国野生双孢蘑菇菌株及作为对照的8株国内外栽培菌株和14株国外野生菌株进行基因组DNA的SRAP和ISSR分析,并对部分菌株进行ITS序列的扩增与序列比对。结果发现中国野生双孢蘑菇与对照菌株的ITS序列同源性高达99%以上,为它们的进一步鉴定提供了DNA水平的依据,也表明同工酶鉴定和ITS序列鉴定的一致性。聚类分析结果表明中国野生双孢蘑菇在0.93的相似值上可分为3个大的类群并与采集地域相关,它们与对照菌株的遗传距离都比较远,揭示中国存在丰富的双孢蘑菇种质资源及独特的基因种群。