生物信息学分析microRNA在前列腺癌中的调控通路

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目的:运用生物信息学方法推测microRNA(miRNA)在前列腺癌中的分子调控通路。方法:利用人类miRNA疾病数据库(HMDD)查询已证实与前列腺癌相关的miRNAs并汇总,挑选文献报道最多的几个miRNAs作为研究对象。运用miRwalk在线软件分别查询各miRNAs的靶基因,并作交集分析筛选出各miRNAs的共同靶基因。在前列腺基因数据库(PGDB)中查询已证实与前列腺癌密切联系的基因,并筛选出与前列腺癌相关的miRNA靶基因。进一步利用转录因子数据库(ChIPBase)分别推测各miRNA和靶基因的转录因子,并绘制miRNA在前列腺癌中的分子调控通路图。结果:经HMDD筛选出有10篇或以上文献支持与前列腺癌相关的miRNAs为miR-21、miR-145、miR-221和miR-222;miRwalk软件证实得出这4个miRNAs的共同靶基因共有15个,其中CDKN1A、PTEN、ERBB2、MYC、TP53、ESR1和BCL2等7个基因已证实参与前列腺癌的发生发展;ChIPBase预测得CDX2和GR为4个miRNAs的共同转录因子,而7个靶基因的共同转录因子有10个,其中CDX2是miRNAs及其靶基因的共同转录因子。所有基因形成一个调控环路,参与前列腺癌的发生与发展。结论:运用生物信息学方法对前列腺癌相关的miRNAs分子调控网络进行预测,不仅能揭示各miRNAs的生物学功能,而且为阐明其与前列腺癌的发病机制提供了新的理论基础,也为后续的实验验证提供指导。
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