中国知识分子的命运一直与社会变迁、政治运动有千丝万缕的联系，这一群体在新中国成立初期的遭遇尤为引人关注。这一问题与今日社会牵涉太多，再加上众多写作者的学养和态度千差万别，导致有关历史叙述语焉不详，从而限制了我们对历史的认知。
　　杨奎松教授也意识到了这种现象，所以他在由“革命史”转向“建国史”研究之初，首先关注的是1949年后知识分子的思想改造问题。杨奎松发现，在那段时期，同为知识分子，每个人的思想转变原因、过程、结果大不一样。
　　他的新书《忍不住的“关怀”》选取张东荪、王芸生、潘光旦这三位主流知识分子为研究对象，梳理大量档案、日记、报刊、回忆录等，以客观态度还原了三人改造思想的曲折经过，认为在政治大环境中，他们的人生经历、理论素养、政治信念都对各自的人生命运有很大影响。
　　张东荪是民盟领导之一，在内战期间力求消弭国共矛盾，建立联合政府。他毕生都颇为自得的一件事，是参与北平和平解放的斡旋。毛泽东在建国后说“北平和平解放，张先生第一功”，这进一步激发了张东荪的“国士情怀”，也让他对自己的政治见识有了过高估计。在朝鲜战争前夕中美关系紧张的情况下，他对国内外形势有所误判，亟亟与美国保持联系。在爱国心驱使下的种种行动，却变成了“通敌叛国”的罪证，导致他在思想改造中屡屡受挫。
　　王芸生的命运与《大公報》息息相关。《大公报》是民国时期最有影响的私营报纸，在1948年国内局势渐趋明朗的时候，原本偏向国民党的主编王芸生，为了保住《大公报》，北上参加政治协商会议。1949年，原本要依照马克思主义观点关闭《大公报》的中共领导人，在看到王芸生登报发表的“投降”/“投效”之后，决定保留《大公报》作为改造的试点。王做出种种努力试图融入新政权的新闻事业中，但《大公报》注定无法适应建国以来的新闻业管理新模式。
　　潘光旦早年留学美国，回国后受胡适等人影响，开始对政治有所议论。杨奎松从潘光旦的文章和大量批判材料中发现，潘在没有多大压力的情况下，努力适应新政权的话语体系。在多次思想改造中，潘设身处地、推己及人，感受到自己过去知识的“落伍”与“无用”，事事都努力从好的方面去理解。潘光旦后来成为重点斗争对象，其实并非有预谋的结果，而是潘对批斗的应对方式有关。他后来为土家族呼吁，也因为触碰了中央和地方关系，对个人命运有很大影响。
　　1949年后知识分子的命运是很多个体的遭遇共同组成的，只有尽量从当时的环境去理解，才能接近历史真相，在此基础上去谈论知识分子的生存状态，也更有意义。杨奎松教授通过三个个案研究给我们的启发和提示，正在于此。