为研究莲鱼复合种养生态系统中的浮游植物群落特征，以及该养殖模式的经济和生态效益，2019年春季至秋季，对江西井冈山地区莲鱼种养、莲单种、鱼单养三种种养模式的水质及浮游生物开展了季节调查，结合当地生产经营，分析了不同种养模式的经济效益及生态足迹。研究表明，（1）共鉴定出浮游植物7门103种。其中，绿藻56种，蓝藻21种，硅藻16种，裸藻3种，隐藻4种，金藻2种，黄藻1种。复合种养模式水体的水质均处于轻污染-无污染状态，优于单种、单养模式，且优势种存在季节性差异。（2）冗余分析表明，水温和溶解氧是影响莲鱼复合种养生态系统浮游植物群落结构的关键环境因子，总磷（鱼单养模式的主要影响因子）和硝酸氮（莲单养模式的主要影响因子）并不是影响该复合种养模式中浮游植物群落的主要环境因子。（3）莲鱼复合种养经济效益为25200元/公顷，介于鱼单养和莲单种模式之间，但其产生每万元利润的生态足迹最低，为4.48hm2，是鱼单养模式的80.9%，莲单种的33.2%。江西井冈山地区的莲鱼复合种养模式是一种高效益、低生态负荷的综合种养模式，适宜在当地大面积推广。