【摘 要】
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胰腺癌是全球恶性程度最高的恶性肿瘤之一。早期胰腺癌患者通常无明显症状,且由于胰腺所处的生理位置较为隐蔽,与其他消化道癌相比更不容易进行早期诊断,很多患者在确诊时已是胰腺癌晚期,错过了最佳的治疗时间。全世界胰腺癌患者的五年生存率仅为25%。因此,发现新的胰腺癌特异性生物标志物,并以此来筛查高危人群,鉴别胰腺癌前病变,帮助医生诊断潜在的胰腺癌患者尤为重要。近年来,血浆循环游离DNA(cf DNA)甲基
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胰腺癌是全球恶性程度最高的恶性肿瘤之一。早期胰腺癌患者通常无明显症状,且由于胰腺所处的生理位置较为隐蔽,与其他消化道癌相比更不容易进行早期诊断,很多患者在确诊时已是胰腺癌晚期,错过了最佳的治疗时间。全世界胰腺癌患者的五年生存率仅为25%。因此,发现新的胰腺癌特异性生物标志物,并以此来筛查高危人群,鉴别胰腺癌前病变,帮助医生诊断潜在的胰腺癌患者尤为重要。近年来,血浆循环游离DNA(cf DNA)甲基化检测在无创性和早期癌症诊断中的应用引起了全球的关注。我们通过甲基化DNA免疫沉淀结合高通量测序(Me DIP-seq)对胰腺癌患者进行了全基因组cf DNA甲基化谱研究。与健康人比较,我们在胰腺癌患者的cf DNA启动子区域中总共发现了775个差异甲基化区域(DMRs),其中包括761个高甲基化DMRs和14个低甲基化DMRs;在CGI(CpG island)发现了761个DMRs,其中包括734个高甲基化DMRs,27个低甲基化DMRs(p值<0.0001)。通过对启动子与CGI完全重叠的区域进行定位,进一步筛选出143个高甲基化DMRs。为了从143个DMR中获得能作为胰腺癌诊断的marker,首先需要将143个DMR注释成探针。然后在TCGA和GEO数据库中,共下载了696例Illumina甲基化数据,其中包括339例胰腺癌患者和357例健康个体。采用Least Absolute Shrinkage and Selection Operator(LASSO)方法,与696例Illumina甲基化数据进行交叉验证分析,最终筛选出8个能较好地区分胰腺癌患者和健康人的探针,包括TRIM73、FAM150A、EPB41L3、SIX3、MIR663、MAPT、LOC100128977和LOC100130148。接下来,我们将HM450K数据集随机分为训练集和验证集,通过逻辑回归算法建立诊断预测模型以评估8个生物标志物的诊断价值。由8个生物标志物组成的诊断预测模型,能较好的区分出胰腺癌患者和健康个体。此外,我们利用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)初步验证8个生物标志物的实际诊断能力。初步验证我们的8个甲基化生物标志物在胰腺癌患者和正常人中的确存在着差异。总之,本课题确定了一组8个可能应用于胰腺癌无创性诊断的差异甲基化生物标志物。
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