黄花大苞姜（Caulokaempferia coenobialis）是我国特有的姜科(Zingiberaceae)大苞姜属（Caulokaempferia）多年生落叶宿根草本植物，花粉粘液状，花粉粒之间充满粘液物，通过花粉滑动实现自花传粉。其独特的花粉类型和传粉模式使其成为研究花粉类型和传粉模式、繁育系统与遗传多样性的关系的良好材料。本文采用高通量测序技术对黄花大苞姜3个不同发育时期的花药进行转录组测序及采用ISSR分子标记对黄花大苞姜种群遗传多样性的分布格局进行研究。本试验主要研究结果如下:　　1.黄花大苞姜小孢子发育时期与花器形态密切相关。不同发育时期的花蕾、花药特征较为明显，可将花药纵径作为主要判断标准，花药横径、花蕾纵径、花蕾和花药外观形态等作为辅助指标判断小孢子所处的5个发育时期。　　2.应用Illuminna HiSeq2500对黄花大苞姜3个不同发育阶段的花药进行高通量转录组测序，通过Trinity组装共得到249，943条转录本(transcripts)和97，268个功能基因(Unigenes)，其中33，828(34.78％)个功能基因被注释到各个数据库中。不饱和脂肪酸合成通路中有10个功能基因差异表达，初步推测这些基因有可能与花粉粘液中的不饱和脂肪酸的积累有关，进一步确定还有待验证。　　3.筛选出7条ISSR引物，对采自鼎湖山的4个小居群和南昆山的9个小居群共13个小居群250个样品进行扩增，得到138条条带，其中127条为多态性条带。13个黄花大苞姜小居群总遗传多样性较高（PPB=92.03％，Neis基因多样性指数H=0.2834，shannon指数I=0.4338），遗传变异主要分布在小居群间（Gst=0.5390），基因流较小(Nm=0.4276)。鼎湖山4个小居群总遗传多样性相对较低（PPB=69.57％，Neis基因多样性指数H=0.1965，shannon指数I=0.3038），遗传变异主要分布在小居群内（Gst=0.3241），基因流较大(Nm=1.0426)。南昆山9个小居群总遗传多样性水平(PPB=88.41％，Neis基因多样性系数H=0.2721，shannon指数I=0.4155)高于鼎湖山，遗传变异主要分布在小居群间（Gst=0.5254），基因流较小(Nm=0.4517)。　　个体和居群的UPGAM聚类分析显示，所有小居群被分为两支:鼎湖山居群和南昆山居群，且沿同一河流分布的居群首先聚在一起，再跟同一地区的其他居群聚在一起，说明水流在黄花大苞姜的种子散播中起着一定的作用。鼎湖山居群与南昆山居群遗传多样性差异较大与两者所处的地理因素有关，南昆山所处地形复杂，黄花大苞姜小居群间的基因流也较为复杂。总的来说，由自交交配系统、地理隔离和缺乏有效的种子传播机制所造成的基因流受限是影响黄花大苞姜种群目前遗传多样性分布格局的主要原因。