海藻，是海洋中蕴藏的巨大的生物资源之一，近年来，不断被揭示出具有独特的生物活性功能的海藻低聚糖，受到越来越多的关注。在众多海藻多糖中，琼胶低聚糖结构相对简单，已被广泛应用于多种商业化领域如医药、水产养殖、食品、化妆品等行业。琼胶酶是能够将琼脂糖降解为新琼寡糖的酶。新琼二糖水解酶则是一类能够将新琼二糖水解为两种单糖的酶。
　　许多研究表明，海藻表面附着大量微生物，它们对海藻的生长繁殖和消亡起到重要影响，其中红藻细胞壁所含的海藻多糖一直是藻类生物质资源利用过程中最为重要的组成部分。对来自汕头南澳岛、汕尾红海湾、福建平潭岛同一种红藻拟伊藻表面附着细菌的多样性进行了分析，同时研究了同一站位（南澳岛）中的三种不同红藻蜈蚣藻、拟伊藻、鹿角沙菜经琼脂糖和卡拉胶胁迫驯化后，比较发现驯化前后微生物物种在不同水平上发生了群落的交错演替。结果表明微生物群落组成与海藻生存环境密切相关，具有明显地域差异，并受温度和培养条件的影响较大。
　　以本实验室前期从紫菜藻体上分离到一株琼胶降解的海洋菌株AquimarinaagarilyticaZC1中的GH50家族琼胶酶Aga575为研究对象，采用易错PCR的方式构建其突变体文库，并进行结构和功能之间关系的研究。根据易错PCR体系中Mg2+和Mn2+浓度不同，可将PCR体系分为15组。经酶活力比较，随机突变体M1和M2以及组合突变体M1-M2催化活性较野生型Aga575提高1.7~2.38倍；经测序比对发现所有突变体的共同之处在于它们的亲水氨基酸精氨酸Arg被疏水性氨基酸甘氨酸Gly所替代。由于氨基酸的功能特性与蛋白酶活力息息相关，推测出现这一现象的原因是疏水作用对维持蛋白结构稳定起到关键性作用。
　　琼脂糖完全降解为单糖依赖于新琼二糖水解酶。实验室前期从菌株AquimarinaagarilyticaZC1中克隆表达新琼二糖水解酶NH852，研究发现该酶可能含有两种酶活性能，既能水解α-1,3糖苷键也可断裂β-1,4糖苷键。本章节通过酶活相关实验成功验证NH852具有两种酶活性，这种现象也是GH117家族中的首次发现。通过对比分析重组酶852酶学性质发现：α-NH852和β-NH852最适反应温度分别为35℃和45℃；pH值在6.0～9.0之间均保持较高的酶活性，最适pH差异不明显；Cu2+对新琼二糖水解酶α-NH852具有明显的激活作用，但却强烈的抑制β-NH852酶活力，Mg2+正好相反；1mM的Ni2+和Co2+对α-NH852酶活性存在较弱的抑制作用或几乎无影响，伴随浓度的升高出现激活作用，对β-NH852酶活性低浓度下促进，高浓度抑制；SDS、EDTA-2Na以及大部分有机试剂对NH852两种酶活性均表现出不同程度的抑制作用；对NH852两种酶酶促反应动力学测定结果为：α-NH852Km值为3.26mg/mL，Vmax值为43.86U/mg，β-NH852Km值为0.57mg/mL，Vmax值为40.98U/mg。