时代的变迁，科技的发展，创新的需要，这无疑对高校这座智囊的宝库也提出了挑战。高校对促进创新型国家、创新型区域的建立，起着力量支撑的作用。当代国际大背景下，全球教育和科技都呈现出新的发展态势，在服务社会的同时，促进高校、政府与企业协同创新已是迫在眉睫。而现阶段国内的协同创新组织在一定程度上滞后于我国战略需求和科技的发展，高校实施协同创新的动因，有建设创新型我国的需要，还有提高国际竞争力的需要，同时也是推动高校高等教育的需要。本文通过分析和研究相关成果来了解国内协同创新组织的现状，针对高校协同创新组织运行的困境，比如协同创新体制壁垒、多元化的主体目标很难达到一致性、组织管理上方式太因循守旧、学术评价体系落后、科研组织机构单一以及缺乏一个重量级的领导来实施对协同创新组织的指挥，对我国高校协同创新组织提出些许思考。本文的主要内容包括：第一，对文章的选题背景进行介绍，我国是在何种大背景下步入协同创新领域的；另对关于高校、协同创新、协同创新组织做了相关概念的文献综述。第二，对高校协同创新组织运行的现状及动因进行了分析，并选取了国内外两所知名院校代表作为范例进行总结概述，在了解其组织运行现状的前提下，给我国协同创新组织运行以启示。第三，该部分对高校协同创新组织运行机制的建构进行了研究，这也是本文的中心环节，分别从宏观制度保障层面、宏观经费保障层面与高校内部自身层面对组织运行机制进行阐释。而在文章的第四章节，关于我国高校协同创新组织的运行，作者作出了相应的对策研究，提出了以下几个方面的建议：首先，基于协同创新平台科研实施的路径方面，应建立合理的校企制度保障体系，创建完善的利益共享保障机制；其次，就高校自身而言，应树立创新的价值取向理念、建立产学研用战略联盟、完善协同创新组织的自我评价体系；最后，就国家层面而言，应完善组织运行的制度保障体系与评价体系、加大对协同创新组织的项目经费投入、扩宽高校协同创新组织的科研立项力度等。