四川花生种植、加工历史悠久,是西南地区最大的花生生产和消费地域,以独有的中粒型花生蜚声中外。本研究以栽培花生基因组作为参考进行酶切预测,通过SLAF-seq测序分型技术,对收集的70份四川省花生材料进行SNP标记开发。依据SNP分型结果,分析了70份材料间的系统进化关系和群体结构分化情况。通过两年栽培试验,结合表型鉴定与品质测试进行关联分析,鉴定参试材料重要性状显著关联位点,筛选重要性状候选基因,为进一步研究四川花生优质、高产机理及分子标记辅助育种提供了理论依据。研究主要结果如下:（1）对株高、分枝数、百果重、种皮颜色,蛋白质、脂肪及可溶性总糖含量7个性状进行田间鉴定及测试分析,结果表明主茎高、分枝数与蛋白质含量呈正态分布,其余性状无正态性。7个性状在特定区段呈现集中分布,实际种植生产以中低株高（20-50 cm）、中等分枝数（6-10）、中大粒型（140-200 g）、中高蛋白质含量（23-27%）,中等脂肪含量（51-56%）、低可溶性总糖含量（3.5-5.5%）的粉色花生为主。（2）实验中Hae Ⅲ的酶切效率为92.71%,共得到213.91Mb reads。测序平均Q30为94.44%,平均GC含量为42.70%。每个样品平均开发206,506个SLAF标签,平均测序深度为14.36x,共得到184,034个群体SNP。以杂合和缺失比例小于10%、MAF大于等于0.05为标准,筛选出优质SNP标记3,313个。（3）以筛选出的SNP标记构建系统发育树,结果表明70份花生材料可分为5个类群,分别包括了17、5、20、7、21个材料。天府系列审定品种集中分布于第Ⅰ类群,在第Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群有分布;第5类群为最大的类群,与其他类群亲缘关系相对较远,第Ⅲ和Ⅴ亚群整体呈现出以种皮颜色分类的趋势。群体结构结果显示,随着K值的增大,天府系列品种出现不同亚群分离,其他出现种皮颜色与营养成分等多个亚群分类。当K=8时,交叉验证错误率达到最低值,亚群体内资源相似性最大,对比系统进化树群体结构,二者总体结构相似。（4）基因组关联分析共检测到8个QTL,涉及5个性状,包括株高（3个）、种皮颜色（2个）、蛋白质含量（1个）、脂肪含量（1个）和可溶性总糖含量（1个）。QTL分布在7个染色体上,其中影响脂肪和可溶性总糖含量的两个QTL位于Arahy.12染色体的相同位置。