当前我国十分重视医疗卫生行业的发展,为鼓励医疗事业的发展和为居民提供优质的医疗服务,政府在不断更新出台相关政策法规。随着医疗卫生体制的改革和新政府会计制度的全面实施,医院原有的内部控制体系和会计制度已不能满足现行医院改革的需要,其管理水平和经营规模尚未能达到相关标准,在改革的背景下医院的内控问题也随之涌现。在新形势下,医院必须对改革后的新会计制度作出反应,调整日常业务办理流程以适应新会计制度的运行。公立医院需要进一步加强自身的经营和管理模式,加强对风险的防范和识别,进一步完善优化内部控制体系存在的不足。本文是在新政府会计制度出台的背景下结合风险管理的原理对H公立医院的内部控制体系中的内控风险点进行优化,将理论和实践融会贯通从而更好地梳理公立医院的内部控制和风险管理关系,对公立医院应关注的风险点进行了剖析,结合政府会计制度改革下对医院内部控制的要求及风险评估重点的认识,对H公立医院的实际组织架构和内控执行情况进行了调查了解,发现其内部控制依旧存在部分缺陷,在单位层面和业务层面两大层面上存在问题。单位层面存在如组织框架不完善、风险预警机制不健全的问题,业务层面主要存在存货和资产管理混乱、合同管理和招投标管理流程不清晰等问题。本文的核心是针对发现的问题,对H医院现行存在的风险进行了评估并对高级别的风险提出了相应的改进措施以进一步完善各业务内控流程。最终在保障医院内部控制体系能够有效实施的情况下,提出了可以通过明确划分医院内控的权力和责任、实现业财一体化控制和注重内外部监督的方法进行保障,从而协助公立医院完善内部控制体系、实现内控目标、促进公立医院健康高效的发展。