代建制是工程建设领域的新生事物，是目前国家大力倡导的政府投资项目的管理模式，它符合社会主义市场经济的客观要求，有利于优化配置资源，实现项目的最小投入和最大产出，代建制模式的提出是政府投资体制改革市场化的要求。我国从1993年开始，先后在厦门、深圳、北京、上海、宁波等试点地区进行政府投资项目管理体制改革，推行代建制，这对规范政府行为、提高投资效益、促进行业市场竞争等起到了积极作用，代建制在不断探索和研究的过程中成熟发展起来。在这个过程中，代建制的推行逐渐触及到一些关键性的问题——代建单位的培育和发展。专业的项目管理公司对于承接的代建业务如何将工程项目管理的思想应用于项目组织结构的合理设置，项目管理组织结构如何架构使其更能适应代建工作的需要，在整合相关业务的同时如何调整管理人员的构成及其知识结构，这些新的问题亟待解决。　　 本文以代建制的推行为背景，以项目管理公司为切入点，主要运用全过程项目管理理论、组织理论、模糊数学等理论知识，采用理论与实际相结合的研究方法、比较分析方法、案例研究方法，通过我国代建制模式与国际上通行的PMC项目管理模式的对比分析，在充分研究借鉴国外优秀项目管理公司大型项目的先进项目管理组织结构的基础上，结合作者在浙江五洲工程项目管理(代建)有限公司工作的体会，针对政府投资项目代建在现行项目管理公司运作过程中暴露和发现的问题，构建了大项目部组织模式，构建了项目组织结构评价指标体系，并为更好的适应代建项目完成需要提供对策。并且通过实际案例的分析-对杭州市科技馆代建项目的大项目部组织模式的构成进行讨论,对本文的研究结论进行了理论和实践验证，使研究结论更具可操作性。