我国行政单位是接受国家和人民的委托行使公共权力、管理公共财产,维护社会和谐稳定的组织。随着国家治理体系的不断完善,人民群众对行政单位提供优质、高效的社会公共管理服务有了更大的期待。为此,财政部相继印发了《行政事业单位内部控制规范（试行）》等法律法规及规章制度,全面推进行政单位内部控制工作的展开,以期能促进行政单位依法高效履职。目前,我国行政单位内部控制建设实施效果并不理想,一个重要的原因就是缺乏依据单位的体制特性进行的针对性设计研究,导致内部控制体系并没有落实到单位工作中去。检察机关作为实行行政编制的司法机关,依法适用行政事业单位内部控制管理制度,在维护法律公平正义、保障社会和谐稳定方面发挥着重要作用。本文通过文献研究法、案例研究法、实地调查法相结合的方式,以基层检察机关——S检察院为例进行研究,希望找出检察系统内部控制建设薄弱的原因并提出有建设性的对策。本文具体结构如下:首先,介绍研究的背景、意义、主要内容和方法。其次,在对内部控制相关理论进行阐述的基础上,根据财政部《行政事业单位内部控制规范（试行）》的规定将行政单位内部控制分为设立目标、风险评估、单位和业务层面控制、监督与评价四个关键环节,并在后文中以此为框架进行研究。再次,结合实例对S检察院内部控制现状进行分析,从风险评估、单位层面内部控制、业务层面内部控制、监督与评价四个方面归纳S检察院现有的各种问题并总结问题存在的原因。然后,结合其单位特性针对性的提出相应的改进建议。最后,基于行政单位内部控制理论和对S检察院的案例分析,本文认为检察机关的内部控制应该是根据设立的内部控制目标,在风险识别和评估的基础上,从单位和业务两个层面,针对一般经济活动和涉案财物管理活动设计和执行贯穿业务始终的控制措施,同时通过不断地评价与监督促进控制措施完善,最终使得检察机关能高效正确履职的一系列活动。本文结合检察机关职能及管理结构的特殊性,指出了S检察院在适用《行政事业单位内部控制规范（试行）》进行内部控制建设时除一些共性问题外需要针对性改进完善的要点。期望能够通过本案例的研究以点带面,为整个检察系统,甚至所有行政单位内部控制体系的构建与改进提供实践经验。