有害藻华（HABs）引起的水生生态问题已广泛发生,不但极大阻碍了沿海经济的发展、污染饮用水资源,且产生的毒素经过生物富集化作用危及人类生命健康安全,甚至导致死亡。其中麻痹性贝毒（PSP）在有害藻华产生的毒素中毒性最强、分布最广、危害最大。而PSP的来源仍是未解之谜,藻-菌关系是揭示PSP来源的重要突破口,解析产PSP甲藻的微生物菌群结构和功能则是其首要前提。本文采用二代测序（16S r RNA V3-V4可变区基因）和三代测序（16S r RNA全长基因）,同时对代表性产PSP甲藻—链状亚历山大藻ALC进行菌群多样性研究,解析产毒链状亚历山大藻ALC的菌群结构特征。并利用PICRUSt1.1.0软件对其菌群进行功能预测,从而对产毒链状亚历山大藻ALC的菌群功能有初步的认知。结果如下:二代测序确定有7个门、15个纲、35个目、54个科、82个属,未知属及新种比例分别为12.65%及92.89%。三代测序注释有2个门、3个纲、8个目、9个科、13个属,未知属仅占1.05%,但新种比例高达99.21%。二代及三代测序的优势门、纲、目、科、属均一致,分别为变形菌门（Proteobacteria）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）、红杆菌目（Rhodobacterales）、红杆菌科（Rhodobacteraceae）、及海命菌属（Marivita）。16S r RNA功能预测发现碳水化合物酶主要为糖基转移酶（GT）及糖苷水解酶（GH）,多糖裂合酶（PL）占比极少。KEGG及COG数据库比对发现除基础生物过程,功能主要集中在氨基酸及碳水化合物代谢有关的基因上。通过微生物的分离及纯培养技术从产毒链状亚历山大藻ALC中获得两株细菌,16S r RNA序列比对确定其属分别为Marivita及Maritimibacter。选择菌株LZ-15-2进行多相分类学鉴定,确定菌株LZ-15-2是Marivita cryptomonadis的一个新成员。基于COG功能注释、KEGG代谢通路注释、次生代谢产物合成基因簇的筛选,从基因层面推测菌株LZ-15-2与产毒链状亚历山大藻ALC存在以下共生机制:一、合成维生素B2和B6（提供必需生长因子）;二、存在解毒、耐药性机制（有毒物质的降解、存在多药耐药外排泵）;三、提供、交换营养物质或参与其合成（硫和氮的代谢、存在光合作用及固碳途径）;四、化学防御（抗生素、聚酮及萜类等生物合成）;五、存在群体感应信号分子（N-酰基高丝氨酸内酯）,具备藻-菌之间信息交流机制。