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背景和目的：乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染是导致肝细胞癌发生的重要环境病因因素。然而,病毒感染以及感染后是否引起肝癌存在巨大的个体差异,提示存在个体遗传易感性。拷贝数变异(CNV)是基因组最重要的结构变异之一,在许多复杂性疾病的易感性中起重要作用。本研究分析对病毒有重要抑制作用的天然免疫分子APOBEC3B (APOBEC3B)拷贝数变异与HBV感染以及肝细胞癌发病风险的关系。方法：首先运用高密度SNP芯片,检测肝细胞癌患者(n=25)和正常对照(n=25)外周血淋巴细胞DNA的CNV以寻找差异。继而运用实时定量PCR对具有差异的CNV进行验证。经证实的APOBEC3B拷贝数变异以PCR方法,在HBV相关肝细胞癌患者(n=517)、慢性乙肝患者(n=400)和正常对照(n=501)进行基因型分析。以多变量logistic回归计算的比值比(OR)及其95%可信区限(CI)评估APOBEC3BCNV与肝癌发病风险的关系。此外,我们用实时定量PCR检测了不同基因型个体肝组织中APOBEC3B的表达情况；构建了不具有DNA编辑功能的突变体APOBEC3BE255A,运用不同变性温度的3D-PCR和实时定量PCR检测APOBEC3B及APOBEC3B E255A对HBV复制的抑制作用；以DNA测序确证APOBEC3B对HBV基因组的编辑作用。结果：基因型分析发现,肝细胞癌患者中APOBEC3B del/del纯合子基因型为12.9%,显著高于慢性乙肝患者的7.5%(OR=1.92,95%CI=1.05-3.52；P=0.034)和正常对照的6.4%(OR=3.16；95%CI=1.98-5.05；P<0.001),APOBEC3B ins/del杂合子基因型为47.1%,高于正常对照的36.5%(OR=1.84,95%CI=1.41-2.40；P<0.001)和乙肝患者的45.0%(OR=1.54,CI=1.06-2.24；P=0.025)。慢性乙肝患者中APOBEC3B缺失基因型(del/del和ins/del)频率也显著高于正常对照(OR=1.51,95%CI=1.07-2.12；P=0.018)。实时定量PCR检测证明,del/del基因型肝脏中无APOBEC3B mRNA表达。体外实验发现APOBEC3B转染可使HepG2细胞中HBVmRNA表达水平显著降低,并可对HBV基因组进行编辑产生G>A突变。结论：这些结果表明,APOBEC3B基因缺失是HBV相关肝细胞癌和慢性肝炎发病的易感因素,其原因可能是APOBEC3B基因缺失直接减弱了细胞对HBV基因组的编辑和对HBV的直接抑制作用。