流域生态补偿是指通过一定的经济手段调节流域上下游各方的利益进而达到维护流域地界的水环境和水资源目的的行为,它既体现了公平、公正的法律理念,又表达了对流域生态功能价值的肯定。流域生态补偿制度旨在流域中的生态贡献主体和生态受益主体之间建立起互助共益的桥梁,确立并衡平两者之间的权利义务关系,激励生态贡献主体提供生态服务,实现全流域长久稳定的为社会公众提供优质的生态服务。财政转移支付在当下以及将来很长的一段时间都将是实现流域生态补偿的主要手段,而流域生态补偿的财政转移支付制度是指通过各级政府之间、政府与企业之间、政府与公民之间以财政资金转移的方式对流域中的生态贡献者进行补偿。通过这样的生态相关主体的利益进行再分配的模式实现生态补偿,进而支持环境保护,实现流域间的生态公平,缓解流域内居民的发展权与环境权之间的矛盾。自从1994年分税制改革以来,我国对流域生态补偿的财政转移支付制度进行了多方面的探索和实践,并且取得了一定的成效,它有利于调节资金分配、明确环境管理方面的职责与任务,已经成为我国政府彻底解决水资源危机的主要手段。但直至今日,其依然存在着诸多弊端,主要有以下几点:首先,流域生态补偿的纵向转移支付制度几乎占据了流域生态补偿的所有空间,但是纵向转移支付制度的局限性并不能完美契合我国境内所有流域,以致一部分流域的实际补偿效果不佳;再者,流域生态补偿横向转移支付制度虽然经历了一定程度的理论探讨,在实践中也开始了大胆尝试,但到目前为止还未能形成制度化的体系,与生态补偿的“受益者补偿、污染者付费”的原则相违背。针对上述流域生态补偿财政转移支付制度的两个问题,本文准备从以下三个方面努力,首先是根据河流自身的特点分别划定纵向转移支付和横向转移支付所适用的河流范围;其次是建立起流域生态的财政转移支付制度框架,其中又包含着完善现有的纵向转移支付制度和构建体系化的横向转移支付制度;最后辅之以相关配套措施,包括建立流域生态补偿财政信息共享网络平台、对资金的使用进行监管以及对生态补偿的效果进行考核,以确保制度在公正兼具效率的环境下运行。