重庆市森林资源总量不足，森林资源分布不均，重庆市的生态系统整体功能不强，在对重庆市森林资源保护法律制度的研究中，本文从立法和法律制度的实施问题两个方面对重庆市森林资源保护进行阐述，在立法方面，指出地方立法严重不足，在从法律制度的实施问题着手，指出已经制定的法律法规在实际操作中所出现的问题，如森林分类不清、权属不明，公益林划分不合理，森林生态效益补偿制度不完善，森林资源执法人员的素质有待提高，行政管理不够完善，公众参与不够，森林资源保护城乡一体化有待加强，生物多样性保护有待加强，森林资源保护的法律与国际法脱节等这些方面对重庆市保护森林资源的法律进行研究，并对出现的问题提出对策予以解决。　　本文在立法方面，制定适合“森林重庆”的立法，并制定《重庆市生态效益补偿法》等等，对法律制度的实施方面存在的问题，也一一提出对策予以解决。比如，先对我国的《环境保护法》进行修改，在环境保护法的基本准则里加上生态补偿机制，对《森林法》也要进行修改，《森林法》是我国保护森林资源的基本法律，所有关于森林资源的法律法规都不得同他相违背。可以创设一个森林生态效益补偿税，这个税种属于增值税，由政府按一定比例从销售税里提取，专用于生态建设，由政府返还给各个地区的林业管理机构，由林业管理机构对税款进行管理，用于支付生态公益林的补偿。　　重庆市有很多的景点，比如长寿湖、缙云山、武隆天生三桥等，这些景点里往往有生态公益林，在前面我们说过，政府是生态公益林补偿的主体，但是，有些生态公益林本身就可以有收入，比如江津的缙云山等等，他们本身是重庆市的生态公益林，需要重庆市政府和江津区政府的资金支持，但是在实践中，缙云山自己就拥有比较好的收入，完全可以不用政府的资金，在重庆市要开创山区综合开发森林资源的新格局，巴南区、永川市、巫山县和秀山县以及资源相对丰富的巫溪县、城口县、奉节县、酉阳县、石柱县、云阳县、彭水县等等要制定山区综合开发的法律措施，要制订切实可行的实施方案，明确工作计划，落实工作目标。全重庆市城乡一体化按照局部试点，有序推进方式实施。　　城乡森林一体化要立足现实，突出重点，综合考虑区域代表性强、林业投资项目相对集中和地方积极性高等因数，探索建立国家、市区共同扶持山区开发机制，做好林业综合开发规划编制和项目设计，争取国家在资金和项目安排上予以倾斜。重庆市政府应该与美国、日本等等森林法比较完备的国家多交流，吸取他们在保护森林资源上面的成功经验。重庆市现在作为东部沿海产业转移的热门之地，以后可能会面临大量的出口问题，所以森林法制也应该跟上时代的脚步，与国际法接轨。