由于国外成熟的专门化商品鸡品种的冲击,国内很多地方鸡品种都陷入了濒临灭绝的境地。然而由于其可作为优良的选育素材及其生物遗传的多样性,依然有巨大的利用价值,对其保护和利用方面的研究工作日益重要。目前很多科学研究都是针对地方鸡品种展开的。本试验就是以地方鸡品种为素材研究其对应的生产性能相关的遗传标记,通过选取高度选育的白羽AA肉鸡、罗曼粉蛋鸡和地方品种旧院黑鸡、广元灰鸡各20只进行简化基因组测序,从中筛选出白羽肉鸡和罗曼粉蛋鸡相对广元灰鸡的特异性SNP位点,再通过在白羽肉鸡、罗曼粉蛋鸡、绿壳蛋鸡、大恒肉鸡、旧院黑鸡、草科鸡、广元灰鸡上进行质谱分析检测筛选的SNP位点的准确性,并对代表性SNP位点定位的基因进行其在蛋鸡和肉鸡胚胎期胸肌和腿肌中的表达差异研究,旨在探讨专门化蛋鸡和肉鸡中存在的特异性SNP位点,为这些地方品种的利用提供理论基础。试验结果如下:(1)简化基因组测序共得到952,606个群体SNP位点,通过多重筛选我们得到了 14个肉鸡特异性SNP位点,15个蛋鸡特异性SNP位点。(2)29个SNP位点的质谱分析结果中rs3、rs9、rs24三个位点未检测到多态性,无法进行分析。rs1、rs4、rs6、rs7、rs12、rs29这六个位点通过质谱分析发现其在罗曼粉蛋鸡上的分型情况是很特殊的,经过了明显的人工选择的结果,且其他大多数地方品种中也有类似的趋势,结合这些位点定位的基因的功能研究,初步认为是与蛋鸡特异性相关的位点;rs 11、rs 14这两个位点在白羽肉鸡上的分型情况是很独特的,且在其他大多数地方品种中分型情况类似,结合相应基因功能,初步认为这两个位点是与肉鸡特异性相关的位点;rs 5、rs 8、rs 10、rs18、rs19、rs20、rs21、rs22、rs25、rs26、rs27、rs30、rs31、rs32 这些位点在所有鸡种中的分型情况类似,初步认为是家养鸡相对其祖先——红色原鸡的差异性SNP位点,这些位点可以作为家鸡进化的相关位点。rs 16、rs 17、rs 28、rs 33这两个位点的质谱检测结果并没有规律可循。这其中肉鸡特异性位点rs 11定位在IGF1基因上,结合该基因功能确定该基因确实与鸡生长发育、早期肌肉生长分化有关,对其进行进一步在鸡胚中的表达研究。(3)白羽肉鸡胚胎期胸肌和腿肌中IGF1基因的表达都呈现逐渐下降的趋势,而罗曼粉蛋鸡胚胎期胸肌和腿肌中IGF1基因的表达都呈现先上升达到峰值再下降的趋势。白羽肉鸡胸肌和腿肌中IGF1基因的表达要比罗曼粉蛋鸡提前,这说明白羽肉鸡胚胎期胸肌和腿肌的生长分化要比罗曼粉蛋鸡早。证明IGF1基因作为肉鸡特异性SNP位点的可行性。综上所述,rs1、rs4、rs6、rs7、rs12、rs29是与蛋鸡特异性相关的位点,rs 11、rs14是与肉鸡特异性相关的位点,而rs 5、rs 8、rs 10、rs 18、rs 19、rs20、rs21、rs22、rs25、rs26、rs27、rs30、rs31 和 rs32 初步认为是家养鸡与红色原鸡的差异性SNP位点。其中rs 11定位的IGF1基因的表达在白羽肉鸡胸肌和腿肌中要比罗曼粉蛋鸡提前,证明IGF1基因作为肉鸡特异性SNP位点的可行性。