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艾滋病即获得性免疫缺陷综合症(AIDS)是由人类免疫缺陷病毒(HIV)引起的一种严重传染病,HIV侵入人体后,破坏人体的细胞免疫功能,使人体发生多种难以治愈的条件性感染和恶性肿瘤,最终导致死亡。截至2011年底,全球存活的艾滋病病毒感染者和病人3400万(3140万～3590万),新发感染250万人,艾滋病相关死亡170万人；而2011年中国大陆估计艾滋病病毒感染者和艾滋病病人78万人(62-94万人),全国感染率为0.058%(0.046%-0.070%)。云南省毗邻全球最大的毒品生产地——“金三角”地区,特殊的地理位置使云南HIV的传入和流行都比较早,而后经过不同的毒品传输路线向我国其他省市扩散。上世纪90年代云南省一度呈现了B’C/CRF01-AE共流行的态势,经过近20年的共同流行进化,云南省又出现了众多的独特重组型。随着我国西南地区对外开放和边境贸易的发展,云南各出入境口岸地区频繁跨境人员以及外籍常住人员不断增加,研究现时段云南进出口岸的HIV分子流行病学特点,有助于了解我国的HIV传播规律并预测将来的流行态势,对后续的HIV预防以及疫苗的研制也具有重要意义。本研究联合运用RT-Nested-PCR方法成功扩增了204例HIV-1血清样本,将gag-pol区段分为三段扩增, gag、gag-prot、pro-RT,其扩增长度分别为1155bp、885bp、1010bp,对三段扩增测序得到的序列分别进行系统进化分析。本研究的204例样品为来自云南各出入境口岸感染HIV的长途卡车驾驶员,均为男性,其中中国籍仅14例,其余均为缅甸籍。大部分来自瑞丽口岸(186/204,91.18%),其余各口岸零星分布,这些驾驶员以青壮年(20～40岁)为主(197/204,96.57%),其传播途径大多因不愿意透露而不详。比较分型结果发现,任何一段单独的分型结果都存在一定的局限性,不能准确确定其毒株序列,因此我们将三段进行拼接得到长约2.6kb的gag-pol基因序列,再次进行系统进化分析,以确定毒株基因亚型。经分析,204例样品的基因亚型以CRF01-AE (123/204,60.29%)为主,C(35/204,17.16%)亚型、B(22/204,10.78%)亚型次之,CRF08-BC与CRF07-BC共有13例(6.38%),另外还发现了4例(1.96%)介于CRF08-BC与CRF07-BC之间的BC独特性重组,以及7例(3.43%) CRF01-AE/C/B’构成的CRF-01B重组。并用Beast软件对主要基因亚型CRF01-AE、C、B进行了起源进化分析,确定其大致的起源时间为1983、1960、1975年。HIV的高度变异性使得在其传播过程中出现了许多亚型以及重组型,为进一步确定本研究中发现的11例独特重组型,研究其重组位点分布情况,我们运用Simplot软件对高度保守区的gag-pol2.6kb的基因序列进行分析。独特BC重组结构与CRF08-BC和CRF07-BC结构相似,均以C亚型为骨架,在不同的区段插入1-4段来自中国瑞丽的B’亚型基因片段。这4例毒株的重组断点位置各不相同,毒株06022的断点位置位于1205-1236nt,1590-1647nt,2444-2480nt处；060122在1183-1243nt,1697-2025nt,2344-2490nt,2721-2806nt位置处出现了4个可能的重组断点；10028的相对重组断点位于：1190-1250nt,2008-2208nt,2435-2811nt,2883-3048nt处；12122比较特殊,仅有一个重组断点位置：2329-3063nt=CRF01-AE/B’构成的O1B重组毒株10024、10115、11103结构与CRF52-01B、CRF55-01B、CRF59-01B结构很相近,以CRF01-AE为骨架分别在2532-3290nt,2609-3290nt、2509-3290nt位置处插入了B’亚型基因片段；CRF01-AE/C构成的重组毒株08102、11064、11085、11103与以往发现的CRF01-AE/C重组结构有所不同,但是08102与11103结构相似,分别在2548-3021nt、2555-3019nt处插入了C片段；而毒株11064与11085结构相似,C亚型基因片段分别出现在1725-2449nt与1730-2363nt处。综上所述,本研究建立了简单而有效的测序分型方法,基于该方法我们对03～12年云南各口岸出入境驾驶员感染HIV人群进行了系统分析,为以后HIV-1患者的药物治疗、预防控制措施的制定以及疫苗的研制提供了重要的分子流行病学资料。