近年来，我国的水环境质量不断改善，但与国家的水环境目标还存在一定差距，流域水环境质量改善仍面临较大压力。新时期一系列环境管理改革如“垂直管理”、“河长制”等均对部门协同提出了更高要求，迫切需要多部门协同合作，联合发力，共同促进水环境质量改善。现有多部门分工负责的水环境管理体制不能满足水环境管理的要求，需加大对部门协同的研究。针对现有部门协同研究存在的不足，本文将协同论应用到水环境多部门协同管理基础理论研究中，在深入分析协同思想的基础上，利用协同论，对水环境多部门协同管理的概念进行界定，深入分析和研究水环境多部门协同管理存在问题及其影响因素，并构建了水环境多部门协同管理的模型，同时以清潩河流域（许昌段）为例进行了实证研究，旨在为我国水环境多部门协同管理的研究和实践提供分析思路和技术支撑。　　首先梳理水环境多部门协同管理的相关理论基础。通过对协同论概念、基本内涵，以及与水环境多部门管理的契合性等相关研究，将协同论引入水环境多部门协同管理理论研究中，运用协同论的基本概念来分析水环境多部门的关系及存在问题，丰富水环境多部门协同管理的理论依据。在协同论理论研究的基础上，对水环境多部门协同管理的概念进行界定，并对其内涵进行解析。梳理水环境多部门协同管理的历史沿革及存在问题，为水环境多部门协同管理研究奠定基础。　　然后，在协同论的理论指导下，研究了多部门协同管理的目标，构建了水环境多部门协同管理目标体系。研究了水环境多部门协同管理的影响变量，即序参量和状态变量，并构建了序参量控制框架和状态变量控制框架的构建。根据以上研究，建立了水环境多部门协同管理模型，并说明其使用功能，为水环境多部门协同管理、水环境管理机制建立及政策框架的设计提供技术支撑。　　最后以清潩河流域（许昌段）为例，对水环境多部门协同管理模型进行实证研究，分析了清潩河流域（许昌段）序参量和状态变量框架，针对存在的部门职责交叉和机制缺失等问题，提出清潩河流域（许昌段）水环境多部门协同管理的结构优化建议以及制度机制的构建建议，并构建其管理框架。