野油菜黄单胞菌辅酶Q生物合成途径探究

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辅酶Q(Coenzyme Q,Co Q)是生物体内广泛存在的一类具有氧化还原活性的醌类化合物。辅酶Q作为一种流动着的电子载体和氢载体,穿梭于真核生物线粒体内膜和原核生物细胞质膜内,将呼吸过程产生的活性电子由复合体Ι或复合体ΙΙ传递给复合体ΙΙΙ,参与生物体的有氧呼吸和能量产生。本课题以野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris pv.campestris,Xcc)辅酶Q生物合成途径为研究对象,开展以下三方面工作:首先,通过BLASTp和功能域分析,我们发现Xcc拥有大部分大肠杆菌(Escherichia coli)Co Q8生物合成同源基因,包括Xc_0402(ubi A)、Xc_0234(ubi B)、Xc_0673(ubi E)、Xc_1846(ubi G)、Xc_3432(ubi H)、Xc_3433(ubi I)和Xc_0233(ubi J),但是缺少分支酸-丙酮酸裂解酶基因ubi C、HP8BA脱羧酶基因ubi D/X以及C6-羟化酶基因ubi F同源基因。前期工作已证明Xcc中的Xan B2为一新型分支酸裂解酶,代替Ubi C参与Xcc Co Q8生物合成过程。其次,通过构建和筛选Xcc8004基因组文库寻找ubi D/X同源基因。提取文库质粒,利用电击转化和热激转化两种方法回补E.coli MG1655突变株?ubi D,筛选得到与野生型大小相近的10个克隆。但基因克隆与功能分析并未找到可能的ubi D/X同源基因。最后,我们利用Xcc8004突变体文库获得了16个Co Q8合成基因突变株。我们发现,Xc_0489的缺失导致菌株内Co Q8含量明显下降、未知化合物X大量积累。ESI-MS分析证明该化合物X为Co Q8合成中间代谢产物DMQ8(6-脱甲基辅酶Q8,C6-demethoxy-Q8)。回补Xc_0489使得突变株内Co Q8含量恢复到野生型水平、DMQ8完全消失,初步证明该基因的C6-羟化酶功能。随后,我们利用E.coli同功能基因ubi F成功回补XccΔXc_0489,同时利用Xc_0489部分回补E.coliΔubi F,确定Xc_0489即为Xcc Co Q8生物合成途径中的C6-羟化酶基因,重新命名为“xbi F”。功能域分析显示,Xbi F不属于大肠杆菌Co Q8合成途径中的“Ubi I/Ubi H/Ubi F/COQ6羟化酶家族”,却与真核生物酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)COQ7及秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)CLK-1同属“铁蛋白超家族”。点突变实验和基于大肠杆菌“Bacterioferritin”(“铁蛋白超家族”典型成员)的蛋白模拟,初步阐明了Xcc Xbi F的三维结构和催化机理。最终,我们利用Xcc Xbi F和Xan B2在NCBI细菌内广泛开展的BLASTp分析,揭示出了细菌辅酶Q生物合成途径的遗传多样性。此外,基于Xcc专性好氧的特点,其辅酶Q生物合成途径的阐述将为绿色农药的设计提供潜在的药物靶标,利于农业的可持续发展。
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