我国正处于工业化、城市化快速发展的阶段，对土地的需求量增加，农地非农化成为必然。土地征收是目前我国农地非农化最主要的方式，在城市化进程中发挥着重要的作用，因此加强征地过程中农民权益保护至关重要。现行征地制度主要由《土地管理法》进行规定，《物权法》等也有涉及，总体上建立了我国征地制度的框架。《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》中明确要求各地方，加强土地征收的依法管理，保障农民的土地承包经营权。《国务院关于解决农民工问题的若干意见》在其第八部分第二十七条明确要求对农民中的特殊群体农民工的土地承包权益进行保护。目前我国征地制度存在诸多问题，农民的权益特别是土地承包经营权经常受到侵犯。一些地方以公共利益需要为借口、以国家建设需要为幌子，强行征用农村集体土地，破坏承包经营权，侵犯农民合法权益的事情时有发生，随着工业化、城市化进程的加快愈演愈烈的趋势。本文通过对承包经营权及土地征收的相关概念、作用及相关依据进行分析探讨，理清相关概念的关系。参考国内外现有的研究成果，结合我国土地征收的实践活动，借助历史考察方法、法经济学方法等研究方法来说明在中国经济、社会正处在转型时期，一方面，中国经济增长和社会发展相继进入工业化中期和城市化加速期，农地非农化不可避免，并且农地非农化将随着社会经济的发展会有加速的趋势。且土地征收在社会发展中具有积极的不可替代作用，土地征收这一趋势不可逆转，因此很需要对土地征收进行依法界定合理性与必要性。另一方面，在市场经济逐步确立与完善、并且加入世贸组织等宏观背景下，我国法制建设也在转型，权力本位逐渐向权利本位过度，对各种财产“一体承认、平等保护”得到认可，2004年的宪法修正案更是强调了对政府征收的约束和对私有财产的保护的加强。对土地征收过程中的承包经营权保护问题的论证主要从一方面限制公权，另一方面加强保护私权这两个途径来进行。土地征收是国家行使社会管理管理权的行政活动，具有强制性单方意志性，这就很容易侵犯行政相对人的合法权益，为此要加强对行政强制征收权进行限制，特别是从征收目的、征收程序、征收补偿标准等几个方面进行严格限制；土地承包经营制度关系到我国广大农民的切身利益、也关系到国家的长治久安，因此要从制度上从法律上加强对承包经营权的保护。另一方面，古法谚语说：“没有救济就没有权利”，权利的赋予与权利的保护同样重要。但现行立法对土地承包经营权的保护没有给予足够的重视，土地征收权的监督制约机制还不完善，在土地征收过程中侵犯土地承包经营权的现象时有发生，救济渠道很狭窄并且很不通畅。本文的主要内容如下，第一部分论述土地征收制度的经济学和法学依据以及土地征收制度的存在合理性；第二部分论述土地承包经营权的演变及集体土地征收中土地承包经营权保护受到的影响；第三部分论述集体土地征收对土地承包经营权保护的影响；第四部分论述集体土地征收中土地承包经营权保护的现状和问题；第五部分论述集体土地征收中对土地承包经营权保护完善的具体措施。