基于生物信息学的肠出血性大肠埃希菌O157:H7的致病机制及诊断靶标的研究

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肠出血性大肠埃希菌O157:H7(Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7,EHEC O157:H7)是重要的食源性致病菌,低剂量感染即可威胁生命,发病率和死亡率有不断上升的趋势,近年来美国和日本等发达国家有不同规模的爆发流行,我国江苏、安徽省曾于1999年爆发流行EHEC O157:H7感染性腹泻。对此病原菌致病机制及诊断靶标的研究将对提高肠道传染病的防治及肠道病原菌诊断水平具有重要的理论和实践意义。随着大规模的微生物基因组计划的实施和取得的骄人的成绩,极大地丰富了生物信息学的内容,为人类提供了呈指数级增长的生物学数据,推动了微生物信息学的建立和发展,为探索微生物结构基因组和功能基因组之间的内在联系提供了可分析的基因调控网络,为揭示基因如何行使其职能控制生命现象,发现新的生物学规律奠定了基础。面对不断丰富的微生物基因组资源,如何更好的挖掘海量遗传数据中所隐藏的信息,揭示基因位置、结构与功能、表达调控方式及致病机理之间的关系等,已成为比测序本身更有意义的工作。本研究应用生物信息学方法建立的“基因组条形码”注释系统研究平台及比较基因组学分析,高通量注释细菌基因组海量的序列数据,将生物信息学方法与分子生物学实验科学相融合,高通量地筛选及注释了EHEC O157:H7的毒力岛,预测及初步验证了EHEC O157:H7诊断靶标,全基因组扫描及分析EHEC O157:H7转座子插入序列及其功能,体现了将生物信息学方法与分子生物学实验科学相融合的研究特色,从而推动细菌基因测序结果向高通量的基因组注释及生物科学证实的综合研究新途径的发展。
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