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本文选择鳃虱科Bopyridae的47个形态学性状，利用PAUP软件，以支序分析方法对中国海域鳃虱科24属进行属间、种间系统发育关系研究。支序分析结果较好地反映了鳃虱科内姐妹群的关系。
根据属间支序分析结果可知，假鳃虱亚科中的巨鳃虱属Gigantione是鳃虱科中较早分出的一支，而背腹虱亚科中的仿腹虱属Parathelges和腹虱属Athelges则为较晚分化出来的;褐虾鳃虱亚科的褐虾鳃虱属Argeia盖腹虾鳃虱属Stegoalpheon和真虾鳃虱亚科的深海鳃虱属Bathygyge聚为一支，成为一对姐妹群;蟹鳃虱亚科的单系性、褐虾鳃虱亚科的单系性以及背腹虱亚科的单系性都得到分析结果的支持，仅假鳃虱亚科的单系性不被支持。
根据种间支序分析的结果可知，鳃虱科中较早分出的物种为假鳃虱亚科巨鳃虱属中的日本巨鳃虱;较晚分化出来的物种是背腹虱亚科腹虱属的日本腹虱和假盖腹虱属的日本假盖腹虱，种间姐妹群关系为:假鳃虱亚科中偏寄居蟹鳃虱属的球足偏寄居蟹鳃虱与仿偏寄居蟹鳃虱属的疣缘仿偏寄居蟹鳃虱为姐妹群，假鳃虱亚科扁蝼蛄虾鳃虱属中的卵圆扁蝼蛄虾鳃虱与福建扁蝼蛄虾鳃虱为一对姐妹群，蟹鳃虱亚科指突鳃虱属中的霍氏指突鳃虱与蝼蛄虾鳃虱属的双突蝼蛄虾鳃虱为一对姐妹群，多疣蟹鳃虱属的分节多疣蟹鳃虱与北部湾多疣蟹鳃虱为一对姐妹群，异节蟹鳃虱属的单异节蟹鳃虱与长尾异节蟹鳃虱成为一对姐妹群。