淮河流域是我国粮食主产区之一,其过渡性的农业资源气候特征为淮河流域发展多种作物种植方式提供了基础。小麦-玉米轮作是该区域主要的种植结构,玉米季大量化学肥料的施用,致使夏秋季集中降雨期内所形成的农田地表径流中含有高浓度的氮磷,氮磷的流失不仅加重区域地表水污染,也降低了肥料的利用率。针对上述问题,本研究基于不同作物生长过程中对肥料的吸收利用特点选取该地区常作作物,以玉米、大豆、山芋与小麦为研究对象,设置:玉米单作、大豆单作、山芋单作、大豆-山芋间作和大豆-玉米间作5种种植方式,分析5种种植方式在秸秆还田基础上加以不同的肥料配施包括:常规复合肥、缓释肥和秸秆有机肥+秸秆不还田,得出最能控制氮磷流失的种植结构。以获得最大产量和最低氮磷流失为目标,筛选出适合在淮河流域种植的且可以有效控制氮磷流失的传统作物种植结构。相关研究结果如下:（1）与玉米单作相比,大豆-玉米间作方式土壤的总氮、总磷、总钾和有机质含量保持在较高水平,可有效维持土壤肥力,增加土壤脲酶和碱性磷酸酶的活性;玉米-大豆间作方式在不同降雨量的模拟降雨中产生的径流量最低,相比于玉米单作可降低径流中51.93%的总氮流失,可在夏秋季雨量充沛时对地表径流进行有效截留;玉米-大豆间作方式相比玉米单作可提升作物对土壤中养分的吸收效率,增加玉米产量且大豆产量未显著性降低。（2）与不还田相比,秸秆全还田和50%还田的土壤中氮磷钾和有机质含量均呈上升趋势,在有效的维持和补充土壤养分的同时;秸秆还田还可增加土壤线虫的数量和种类（特别是食细菌类线虫和捕食-杂食类线虫数量）。其中秸秆50%还田的方式中线虫通道指数、瓦斯乐斯卡指数和线虫成熟度指数均最高,分别达到:0.80、2.85和2.18,有效提高了土壤的健康程度和抗干扰能力;线虫总数量的变化与总氮、有机质和速效磷含量呈显著正相关,其中捕食-杂食类线虫线虫数量与有机质含量呈显著正相关,瓦斯乐斯卡指数与有机质含量呈显著正相关;秸秆50%还田与秸秆全还田相比,土壤的理化性质无显著性差异。所以秸秆50%还田对增加土壤养分,维持土壤生态系统更为有利。（3）与施用常规复合肥料相比,秸秆有机肥+秸秆不还田方式可以增加土壤中氮磷和有机质等养分的含量,提升土壤中脲酶和碱性磷酸酶活性,提高植物对氮磷的吸收效率,增加植物体生物量,提高产量。但秸秆有机肥+秸秆不还田方式相比于秸秆还田增加了地表径流量,提高了地表径流带来的氮磷流失风险。与施用常规复合肥料相比,缓释肥可以有效维持土壤肥力,增加植物体对养分的吸收效率,增加植物体的地上生物量,增加玉米产量。与施用常规复合肥料相比,大豆-玉米间作可以提升土壤中养分含量,且在不同的肥料配施方式中,大豆-玉米间作都可以维持较高的的土壤养分含量,且有效的降低了地表径流量,降低土壤中氮磷的流失风险,增加作物的地上生物量,提高土壤脲酶和碱性磷酸酶活性的活性,可以通过增加玉米双穗率使玉米产量提高27.05%。综上所述,在不同的作物种植方式和不同的肥料配施方式中玉米-大豆间作方式均可有效截留和补充土壤中的氮磷含量,降低径流产生量及氮磷流失量,提高作物对对养分的吸收效率,提高作物产量;配合50%的秸秆还田可以有效维持土壤的健康状况。因此,该种植方式可作为淮河流域作物种植结构优化氮磷流失防控的一项关键技术。