有清一代296年对藏传佛教寺院的治理是比较成功的,出于统治的需要,中央王朝在继承元明两朝治理藏传佛教寺院的基础上,几经完善,进一步加强了对藏传佛教寺院的治理。梳理清代治理藏传佛教以及佛教寺院的种种措施,我们发现,在寺院管理的过程中,除了采取刚性的法律制度外,还会采取柔性策略以达到治理的效果。一方面,中央王朝利用蒙藏民族普遍信仰藏传佛教之特点,通过封赏藏传佛教最有影响力的四大活佛、驻京呼图克图以及甘青地区的一些活佛,利用藏传佛教活佛治理蒙藏地区以及藏传佛教,使得双方之间达到一种良性的互动,中央王朝利用活佛的宗教影响,加强了对蒙藏地区的治理,活佛借助中央王朝的权威提高了自己的宗教地位。另一方面,敕建寺院以彰显国家权威,赐匾赐额以提升寺院的地位和影响力,通过一系列政策的实行,广建演教之地,广推佛法,广受信教之众。彰显国家意志,提高寺院地位,扩大寺院的影响力,从而达到对藏传佛教寺院的管理。作为治理蒙藏地区的补充措施,实践证明,这一策略在促进国家统一、民族边疆地区的团结和的稳定上发挥了积极的作用。因此,因地制宜的制定合理的民族宗教政策,是边疆民族地区社会稳定、经济发展以及国家的长治久安的强有力保证。