整体医学是一个跨学科的研究领域，它集成了所有类型的生物信息（蛋白，小分子，组织，器官，外部环境信号）形成用于卫生保健和疾病治疗的具有预测性和可控性的模型。尽管这个学科是整体的，全局的和综合的，但仍缺少对于复杂疾病治疗的全面解析。在本研究中，我们开发了一个新的系统药理学方法来剖析中药治疗心脑血管疾病的机制以阐明整体医学。首先，我们采用药代动力学评价系统筛选出来的中药活性成分开发了带有标签的（激活/抑制）药物-靶标相互作用来揭示药物在分子水平上的药理作用。随后，通过靶标-器官定位的方法在组织水平上进一步研究了药物的治疗机理。最后，采用整合通路的方法来提取疾病治疗模块，在系统水平上理解复杂疾病及其治疗机理。我们首次通过药物-靶标-通路-器官-协作来治疗多器官疾病，揭示了整体医学的特点，更重要的是该方法为复杂疾病的治疗提供了新策略。