扬子鳄（Alligator sinensis）是我国特有珍稀物种,是世界现存23种鳄类中最濒危的一个种。对于扬子鳄的保护,除了重建扬子鳄的生境外,其遗传保护也同样重要。遗传变异性是遗传保护研究的主要内容,在小种群中,往往由于瓶颈效应、近亲繁殖、奠基者效应和遗传漂变等使得遗传变异性减少。线粒体控制区DNA序列分析是研究种群遗传结构的优良分子标记之一,本文通过PCR扩增分析扬子鳄控制区500bp序列,并研究了扬子鳄种群遗传结构,发现扬子鳄种群内遗传变异已处于极低的水平（π=0.00024±0.00016）,64个个体中仅发现4个单倍型,其中单倍型A为绝大多数个体所共享。不但是饲养种群,在野生扬子鳄个体的研究中也发现同样的现象,提示扬子鳄这一珍稀物种在历史上经历了强烈的瓶颈效应。扬子鳄放归自然项目已启动,野放鳄的种群亦需进行遗传管理,这对回归自然的扬子鳄今后种群增长是十分必要的。本文利用密河鳄的10对微卫星引物对初选的13条放归自然试验中的野放鳄进行遗传相似度分析,结果密河鳄微卫星引物在扬子鳄个体中的适用效果不是很好,仅发现两个微卫星位点（Amiμ8和Amiμ18）是杂合的,适用于遗传分析。为了给扬子鳄遗传分析提供足够的微卫星分子标记,本文又利用微卫星富集文库法从扬子鳄基因组中共筛选出了17个微卫星位点以供进一步研究。