随着现代科技的飞速发展，科学技术日益艰深复杂，产品的研发过程往往是一项庞大复杂的系统工程，对科研资金、技术、人才及组织管理等方面的要求也越来越高，即使是实力雄厚的跨国公司也难以单独承担技术创新所需的巨额投入及由此带来的巨大风险。由此，企业之间的合作研发已成为必然趋势。 本文首先对企业间合作研发的产生、发展进行分析与总结，并有针对性地提出推动我国企业合作研发的建议：从产业政策上鼓励企业之间的合作研发、利用财政税收政策促进企业的合作研发、为合作研发提供良好的融资环境。然后从企业资源和能力理论、交易成本理论和产业组织理论角度分析合作研发的动机；从伙伴的选择及组织形式对合作研发进行分类并分析合作研发投资所具有的特点：不确定性、阶段性、不稳定性、不可逆性与可延迟性。 在合作研发的企业利益博弈中，分析研发溢出与企业吸收能力及其研究进展，分别基于研发溢出与吸收能力建立企业合作研发博弈模型，通过博弈分析企业的投资行为与决策原则。并对合作研发中参与企业的成本构成与收益分配进行分析，通过博弈模型提出分配建议。 在比较实物期权与传统投资决策方法之不同的基础上，指出传统投资决策方法由于其评价指标单一、不能适当处理不确定因素、没有考虑投资的不可逆性与管理柔性而不适合于合作研发项目决策；并根据合作研发投资的特点构造合作研发投资决策的实务期权应用框架。 最后对合作研发投资的四个阶段进行分析，分析合作研发投资的决策准则。并针对合作研发投资的特点假设合作研发投资每一决策点可以做出扩大投资、收缩投资、延迟投资三种选择，在此基础上建立合作研发三叉树实物期权模型，对模型进行求解与应用分析。