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鸡骨骼肌胚胎期的生长发育是影响肌肉产量的主要因素,而肌肉产量直接影响着肉鸡的生产性能。骨骼肌的发育生长涉及一系列非常复杂的生物学过程,受到许多基因与非编码RNA的调控。环状RNA是近年来新发现的一类具有特殊环形结构的功能生物大分子,在众多的生物学过程和疾病中都发挥着重要的作用,然而它对家禽骨骼肌生长发育的影响目前尚未有报道。本研究采取11胚龄、16胚龄和1日龄的杏花鸡骨骼肌进行环状RNA测序,分析环状RNA在鸡肌肉组织中的表达情况,筛查影响家鸡胚胎骨骼肌生长分化的关键环状RNA,并分析它们与基因或miRNA的相互作用。同时利用iTRAQ技术对鸡胚胎期的骨骼肌进行蛋白质组分析,鉴定骨骼肌胚胎期发育过程中的差异表达蛋白,并对它们进行功能网络分析。此外,我们进一步结合转录组和环状RNA测序数据进行联合分析,构建蛋白、lncRNA和环状RNA综合互作网络,更系统地了解肌肉发育的分子调控通路。获得主要结果如下:1、在杏花鸡骨骼肌中共发现13377个环状RNA,其中有11064个环状RNA来源于编码基因(3589个),大多数环状RNA来自外显子序列,特别是编码区序列(n=8110)。2、在杏花鸡骨骼肌中表达量较高的环状RNA(BSRP>1)有3036个。比较腿肌E11、E16和P1三个不同的发育时期,发现有1470个差异表达的环状RNA,GO分析差异环状RNA的亲本基因,富集到多个肌肉相关的生物学过程。3、外显子环状RNA的miRNA结合位点分析发现有946个环状RNA含有一个或多个miRNA结合位点,共涉及到150个已知的miRNAs。验证发现鸡circRBFOX2.2-3和circRBFOX2.2-4可结合mi RNA-206,促进成肌细胞增殖和抑制成肌细胞分化。鸡circSVIL.6-14结合miRNA-203,促进成肌细胞增殖和分化。4、对鸡E11、E16和P1期腿肌进行蛋白质组分析,鉴定出3240个蛋白,其中差异表达蛋白491个。互作网络分析发现这些差异表达蛋白主要与蛋白质合成、肌肉收缩和氧化磷酸化相关。少部分的差异蛋白可能受lncRNA和circRNA的调控,特别是与肌肉收缩过程相关的DMD、MYL3、TNNI2、TNNT3和TPMs等,这些差异蛋白可能与非编码RNA共同影响胚胎期骨骼肌的生长发育。5、克隆鸡MEF2D基因,鉴定出5种新的变异转录本,这些转录本均含有高度保守的序列,包括MADS-Box和MEF2-Domain功能区域。其中转录本MEF2D-V4在肌肉中特异性表达,其表达量受到RBFOX2基因调控并可以促进鸡成肌细胞分化。MEF2D基因的SNP位点g.36195C>T与鸡多个生长性状显著相关,特别是0-4周龄体重。综上所述,本研究发现环状RNA在鸡骨骼肌胚胎发育过程中有丰富和动态的表达,可以通过与miRNA结合调控成肌细胞的增殖和分化,从而影响鸡胚胎期骨骼肌的生长发育。同时我们分析了肌肉胚胎期差异表达蛋白之间以及与非编码RNA之间的互作网络,为鸡骨骼肌胚胎期发育生长提供更全面的分子调控网络。