农产品供应链是社会经济的一大“基础链条”，我国农村人口数量庞大，这意味着我国小规模农产品生产组织在农业生产中占据了很大的比例。而分散、生产技术水平较低，物流、信息技术等基础设施发展落后，加上小规模生产组织本身的弱势地位和市场发展形势的影响，多种因素使得我国供应链中的小规模农产品生产组织的利益未能得到很好地保障，基于此本文对小规模农产品生产组织的利益保障机制进行了研究。本文分析了目前我国小规模农产品生产组织在供应链联盟中的利益实现状况，并分析了我国小规模农产品生产组织利益保障存在的问题。通过对供应链联盟中小规模农产品生产组织利益保障的相关影响因素进行因子分析，结合实地调研数据，得出影响小规模农产品生产组织利益保障的因素大致可以分为三类：基础条件因子、相对固定影响因子、相对变动影响因子。由于相对变动影响因子是小规模生产组织通过努力较为容易改变的部分，因此成为保障小规模农产品生产组织利益的关键控制点所在。根据因子分析结果，构建了Stackelberg序列博弈模型，得出作为供应链联盟主导者的批发商应当确定一个足以激励小规模生产组织参与供应链联盟的利润分配系数λ，以使得批发商在实现自身利润最大化的同时，小规模生产组织也能实现自身利润最大化。本文根据研究与分析结果构建了小规模农产品生产组织的利益保障机制，包括利润分配机制、风险应对机制、激励机制、信息共享机制。