自20世纪以来,生物医药产业发展势头迅猛,以基因工程、细胞工程为代表的生物技术深刻地改变着人们对于疾病的预防与控制模式,已被全球多国作为国家重点发展的战略性产业。我国也不例外,在国家的大力支持下,我国生物医药产业的发展取得了一定成效,根据中研网报告,2016年到2019年,我国生物医药市场总体规模从1836亿元增加到3172亿元,年均复合增长率达20%。生物医药产业作为具有重要战略地位的产业,创新水平是该产业的核心竞争力所在,而当前生物医药产业正面临着发展基础薄弱、研发投入不足、顶尖人才缺乏和创新能力不足等挑战。税收政策可以通过降低税率、提高研发费用加计扣除标准、扩大税收优惠政策享受范围等方式降低产业创新活动成本,对创新水平有所影响。近年来我国税收政策已经给予了生物医药产业一定程度的倾斜,但这些优惠政策对生物医药产业的创新水平是否有着明显的激励作用?税收优惠政策作用于不同的生物医药产业对创新的影响又是怎样的?在不确定性不断增强的当下,以上问题值得深入探讨和研究。本文结合国内外对税收政策和创新方面的研究方法及相关理论,将生物医药产业的创新活动分为研发和成果转化两个阶段,对我国生物医药产业的创新现状以及当前我国针对生物医药行业出台的税收政策进行梳理和分类,并通过随机前沿分析方法对税收优惠政策对创新活动两阶段的效率进行测算,基于1998-2016年我国24个省份的面板数据,对各个省份生物医药产业的创新效率进行分析;加入税收变量和政府补贴、企业活力等其他影响因素,利用SFA模型分析税收优惠政策和其他技术非效率项对两阶段创新效率的显著程度;并利用更换变量的方法对实证结果进行稳健性检验,得出实证分析结果。根据理论研究和实证分析结果,本文得出以下结论:第一,从研发效率和成果转化效率的分析上看,天津、江苏、北京等地在研发阶段和成果转化阶段都表现出了高效率水平,第二,税收优惠对生物医药产业的创新水平具有显著的正向影响,税收政策的事后激励作用更为明显,通过研发投入的间接作用来实现创新产出效率的提升。第三,税收优惠政策和政府补贴的共同作用对生物医药产业创新的影响稳定性不强,政府补贴对创新活动的提升作用需要一段时间后才能得以显现。第四,在研发阶段,税收政策对小企业的激励作用优于大企业;在成果转化阶段,税收优惠政策在刺激大型企业成果转化效率提高方面显著强于中小企业。第五,良好的创新环境对企业成果转化效率有显著正向影响,企业的研发机构越多,越容易产生产业集聚,产业的资源集聚效应也会激发企业活力,对生物医药产业的创新效率呈正向影响。第六,我国生物医药产业的创新水平存在地区差异。在相同税收优惠政策的刺激下,东部地区总体创新效率水平远高于中西部地区。基于以上结论,本文提出了如下政策建议:第一,推行以税收优惠为主的创新激励政策;第二,重视区域发展不平衡问题,缩小东中西部差距;第三,关注企业异质性差异,积极培育创新环境;第四,完善税收优惠政策动态考察机制,促进税收制度公平;第五,优化税收征管保障机制,提升纳税服务水平。