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通过测定可数性状、可量性状及框架性状形态参数,综合运用方差分析、聚类分析、判别分析和主成分分析等多元分析方法,比较了真鲷（Pagrus major）和黑鲷（Acanthopagrus schlegelii）及其正反杂交种（正交:真鲷♀×黑鲷♂;反交:黑鲷♀×真鲷♂）的形态差异。可数性状中,4种鱼在臀鳍鳍棘、腹鳍鳍棘、腹鳍鳍条上没有显著差异,黑鲷与真鲷在侧线上鳞、侧线下鳞数、背鳍鳍棘、背鳍鳍条和臀鳍鳍条数存在显著差异（P<0.05）;正交与真鲷在侧线上鳞、侧线下鳞数量、背鳍鳍棘、背鳍鳍条数和胸鳍鳍条数存在显著差异（P<0.05）,与黑鲷在侧线上鳞、侧线下鳞数量、臀鳍鳍条数和胸鳍鳍条数存在显著差异（P<0.05）;反交与真鲷在侧线上鳞、侧线下鳞、背鳍鳍棘、背鳍鳍条数和胸鳍鳍条数存在显著差异（P<0.05）,与黑鲷在臀鳍鳍条数和胸鳍鳍条数存在显著差异（P<0.05）。运用逐步判别分析,构建了判别方程Y1和Y2,对真鲷的判别准确率为100%,对黑鲷和正反交的判别准确率为83.3%、96.7%和90.0%,综合判别率为92.5%,反交与黑鲷间误判率最大为16.7%。基于可数和框架性状进行主成分分析,4种鱼提取了8个主成分,累计贡献率为72.72%,散点图中均未单独成群。聚类分析结果表明,反交与黑鲷的亲缘关系最近,正交与黑鲷比与真鲷距离略近。以上结果表明,黑鲷与真鲷及其杂交后代间形态差异不大,外部特征较为相似。采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区（Coding sequence,CDS）中微卫星序列（简单重复序列,SSR）的分布规律及密码子偏好性。黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以三碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12-20 bp之间。黑鲷与反交在三、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交在三碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第三位密码子碱基的GC含量（GC3s）均高于基因编码区平均GC含量。利用11个微卫星位点和COI序列对黑鲷、真鲷及其杂交子代种群的遗传分化和结构进行了研究。在所有样本的每个微卫星位点上,等位基因的数量从3个到15个不等。正交的有效等位基因数（3.172）介于亲本黑鲷（3.383）和真鲷（2.970）之间,观察杂合度（0.658）和多态信息含量（0.578）均高于黑鲷（0.642,0.575）和真鲷（0.610,0.507）;反交的有效等位基因数（3.192）,观察杂合度（0.657）和多态信息含量（0.573）与黑鲷相似。反交与黑鲷的遗传相似度最高（0.9297）且遗传距离最小（0.0729）,正交与黑鲷和真鲷间的遗传距离相差不大,分别为0.4386、0.4459。正交子代同时具有亲本黑鲷和真鲷的基因,为真正的杂交种;反交子代无父本真鲷的基因。COI序列在黑鲷、真鲷及其杂交后代中共检测出37种单倍型（Hap 1-Hap 37）,正交与黑鲷共享2种单倍型（Hap 11和Hap 13）,与真鲷共享1种单倍型（Hap 2）;反交与黑鲷共享5种单倍型（Hap10,Hap 11,Hap 12,Hap 14和Hap 15）,与真鲷无共有单倍型。在4个群体中,黑鲷群体的单倍型多样性（0.997）、核苷酸多样性（0.016）和核苷酸差异平均数（10.878）最高,正交最低（0.924,0.005,3.262）,反交群体（0.996,0.007和4.853）介于黑鲷和真鲷（0.995,0.006,4.244）之间。以上结果表明,反交与黑鲷群体的遗传多样性极为相似,推测为黑鲷的雌核发育后代。