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EST-SSR标记是基于EST或cDNA数据开发的一种分子标记。作为一种新型SSR标记,EST-SSR标记来自表达基因,除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外,可能与基因功能表达具有直接或间接关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。本研究利用亚麻公共数据库的EST序列开发SSR标记,然后用筛选的引物进行亚麻温敏雄性不育系育性基因的EST-SSR标记。同时开发了亚麻SRAR标记,并优化了反应体系。主要结果如下：1对亚麻EST序列进行微卫星序列的筛选,发现SSR重复序列222个,占整个EST数据库的2.73%,其中以三核苷酸为重复单元的序列占主导地位,占总SSR序列的72.1%；二核苷酸和四核苷酸重复序列分别占总SSR序列的14.4%和13.5%。AGAA是四核苷酸中的优势重复类型,占四核苷酸重复类型的67.67%。2根据筛选EST数据库得到的微卫星序列设计了21个EST-SSR引物对。3通过对亚麻EST-SSR反应体系进行优化,确立了最佳反应体系。在20uL反应体系中：25mmol/LMg2+的浓度为1.9mmol/L, 10mmol/LdNTPs的浓度为0.55mmol/L, Taq酶用量为1.5U,25ng/uL的引物用量为75ng,50ng/uLDNA用量为100ng。4 EST-SSR引物中有18对在10个亚麻材料中有扩增产物,占设计引物的85%,其中14对引物具有多态性。基于SSR标记进行聚类分析,可将10个亚麻材料划分为3个组。5通过分离群体分组分析法(BSA),利用1S×81A350杂交组合F2分离群体构建的可育基因池(BF)和不育基因池(BS)进行育性基因的SSR标记的初步研究。经多次重复实验,在所用的14条EST-SSR引物中筛选出1条多态性引物SSR757,可能与亚麻温敏雄性不育系可育基因连锁。6建立了亚麻SRAP标记,对反应体系进行了优化。在20uL反应体系中：25mmol/LMg2+的浓度为1.5mmol/L,10mmol/LdNTPs的浓度为0.3mmol/L,1.5UTaq酶,25ng/uL的引物用量为100ng,30ng/uLDNA用量为90ng。用10个亚麻材料对优化后的体系进行验证,结果表明,条带清晰,多态性好,得到了较好的结果。