野生动物的空间利用主要表现为对栖息地范围内环境资源的利用模式和活动格局，影响着种群之间的基因交流和种群生存发展。长尾斑羚（Naemorhedus caudatus）为东北亚特有物种，在IUCN世界物种红色名录中被列为近危级，同时被列为中国哺乳类红色名录濒危级物种。内蒙古赛罕乌拉自然保护区内的长尾斑羚种群栖息地处于被周边村镇隔离孤立状态，是研究隔离种群独立进化的良好对象，本研究基于非损伤性采样分子标记结合GIS技术，对栖息地内长尾斑羚的种群遗传结构及个体空间利用情况进行研究。主要研究内容和结论如下:　　1)基于线粒体细胞色素b特异性物种识别，589份野外采集粪便样品中有543份为长尾斑羚遗留，结合微卫星及性连锁基因标记，共识别出101只长尾斑羚个体，其中雌性58只，雄性43只，雌雄比为1.35∶1（x2=2.23，P＞0.05）。　　2)筛选出的7对微卫星引物共检测到36个等位基因，种群平均等位基因数为5.43，平均观测杂合度为0.676，平均多态信息含量为0.624。根据采样地点划分的4个长尾斑羚亚群（大东沟亚群、正沟亚群、韭菜沟亚群、二道洼亚群）间遗传分化系数均较低（亚群间FST在0.032到0.099之间），贝叶斯分析将4个亚群归为一类，表明亚群间无显著遗传结构。　　3)利用识别4次以上的15只长尾斑羚个体在ArcMap10.2中计算家域。长尾斑羚平均家域面积为20.09hm2，其中雄性个体平均家域面积为22.45hm2，雌性平均家域面积18.51hm2，家域面积在性别间差异不显著（x2=0.38，P=0.54）。　　4)使用两种方法对长尾斑羚种群的偏性扩散进行研究，分配检验及空间自相关分析显示，长尾斑羚种群的总体扩散模式为偏雄扩散。基于亚群的分配检验显示二道洼亚群和韭菜沟亚群的扩散模式为偏雌扩散，这一结果表明长尾斑羚的扩散模式可能由多种因素共同导致，雌雄个体均有扩散倾向。　　5)本研究显示，虽然保护区内适宜栖息地面积有限，但长尾斑羚种群遗传多样性适中，且个体家域面积及扩散模式等未表现出与其他连续栖息地内有蹄类动物的差异，表明保护区内长尾斑羚生存资源良好。但由于保护区处于隔离孤立状态，在今后的保护管理中，应注重对种群密度的监测，适当投放食物及营养盐等，降低个体的生存压力，增强抵抗疾病的能力，保证种群稳定发展。