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柳杉是我国南方高海拔地区重要的造林树种。为了保存丰富的种质资源，本研究收集柳杉优良无性系49个，利用分子标记进行遗传多样性分析。主要实验结果如下：1.利用日本柳杉EST序列开发70个柳杉EST-SSR标记，其中多态性标记18个，多态性扩增率为25.71%，表现出较高的多态性。2.利用EST-SSR、SSCP标记对柳杉资源进行遗传多样性分析，结果表明49份柳杉无性系的Shannon多样性指数为0.5517、观测等位基因数、有效等位基因数和Nei’s基因杂合度分别为1.9379、1.6746、0.3789，多态性百分率为93.79%。用不加权组平均法UPGMA获得了柳杉资源间的亲缘关系聚类图，49个柳杉资源在遗传相似系数0.56处可将群体分为3个类群，1号（福建莱州）资源单独聚为一类；第二类群为混和资源；48号和49号（福建腊洋林场）资源聚为一类；聚类结果显示，来自福建的柳杉资源的亲缘关系相对较独立，而来自浙江的无性系亲缘关系相对较近。3.通过遗传聚类分析结果表明，49份柳杉资源中获得23份优选亲本，优选亲本群观测等位基因数、有效等位基因数、Nei遗传多样性指数在概率0.01水平上与初始种质差异不显著，说明优选亲本群能很好代替初始种质的多样性。4.从柳杉23个优选杂交亲本中选配2个无性系作为父本，以姥山林场5个优良无性系为母本，配置10个杂交组合。各组合都已经结出球果发育良好，表明杂交获得初步成功。