目的：1、通过对临床表现为手足口病(Hand-foot-and-mouth disease，HFMD)的生物样本进行检测，鉴定宁波地区引起HFMD病原种类，分析HFMD的病原学流行特征，为HFMD的综合防治提供科学依据。2、在全基因组测序的基础上，了解宁波市EV71分离株的全基因特征，分区段分析肠道病毒71型(Enterovirus71，EV71)宁波株与其他地区代表株的同源性和亲缘进化关系，全面反映进化动态；分析VP1区潜在的B细胞抗原位点，以及计算毒株是否承受正向选择压力。方法：1、依托宁波市疾病预防控制中心病毒研究室，收集2009~2010年宁波地区临床表现为手足口病的样本共446份，通过荧光定量RT-PCR和RT-PCR方法确定肠道病毒型别，序列拼接和比对使用DNAMAN和DNAStar软件，使用SPSS17.0软件进行数据统计，分析HFMD的病原学流行特征。2、选择2010年的EV71阳性样本进行病毒分离和核酸提取，通过逆转录聚合酶链反应对EV71核酸进行全基因组序列扩增，同时测定其他30株EV71的VP1区序列，序列测定后使用相关生物信息软件进行基因片段的拼接、比对和分析，并将宁波株与GeneBank上不同时间、不同地点的EV71代表株序列进行同源性和亲缘进化分析，分析潜在抗原为点，以及计算毒株是否承受正向选择压力。结果：1、2009~2010年共检测宁波市HFMD病例各类样本446份，其中有191份EV71(55.20%)；121份CoxA16(34.97%)；13份CoxA6(3.76%)；7份CoxA10；4份CoxA12；4份埃可病毒9型(Echovirus9，ECHO9)；2份CoxA2；CoxA4、CoxB1、CoxB4和其它肠道病毒各1份。在检测到的346份总肠道病毒阳性标本中，男性232份，女性114份，男女比例为2.04:1，发病人群主要集中在1~5岁年龄组，全年份均有发病，有较明显的季节性，发病主要集中在4~7月，12月有不明显小高峰，2010年检测人数较2009年有下降趋势，峰值也有所偏移，2009和2010年的发病高峰分别在4月和6月。2、通过全基因组测序得到宁波4株EV71基因组序列，全长均为7406bp。基因组5’端和3’端各有长743bp和81bp的非编码区，中间为长6582bp的编码区序列，编码2193个氨基酸的多聚蛋白。与参考序列相比，宁波株编码区没有核苷酸的插入和缺失。同源性和亲缘进化分析推测宁波株EV71与中国大陆正在流行的C4a进化分支最为接近。分析VP1蛋白的亲水性，柔韧性，表面可能性及蛋白质二级结构，预测VP1蛋白以第39~40、159~167、212~220、287~290位氨基酸成为抗原表位的可能性较大。宁波株EV71编码区没有受到明显正向进化压力的作用，处于净化选择状态。小结：1、病原学分型：2009~2010年共检测宁波市HFMD病例各类样本446份，其中有191份EV71(55.20%)；121份CoxA16(34.97%)；13份CoxA6(3.76%)；7份CoxA10；4份CoxA12；4份埃可病毒9型(Echovirus9，ECHO9)；2份CoxA2；CoxA4、CoxB1、CoxB4和其它肠道病毒各1份。2、检测到总肠道病毒核酸阳性346份，男性232份，女性114份，男女比例为2.04:1，发病人群主要集中在1~5岁年龄组，全年份均有发病，有较明显的季节性，发病主要集中在4~7月，12月有不明显小高峰，2010年检测人数较2009年有下降趋势，峰值也有所偏移，2009和2010年的发病高峰分别在4月和6月。3、宁波4株EV71全基因组核苷酸序列全长均为7406bp，GeneBank登录号为JF830007、JN864018~JN864020。4、同源性分析：宁波株EV71与中国大陆流行的C4a基因亚型的同源性最高。5、亲缘进化分析：从各区段进化树上看出，宁波株EV71与中国大陆流行的C4基因亚型的同源性最高，属于C4a进化分支。6、正向选择压力：宁波株EV71编码区没有受到明显正向进化压力的作用，处于净化选择状态。7、预测B细胞抗原位点：结合VP1蛋白的亲水性，柔韧性，表面可能性的重合区域，并分析VP1的蛋白质二级结构，预测VP1蛋白以第39~40、159~167、212~220、287~290位氨基酸成为抗原表位的可能性较大。