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本文采用微卫星标记、线粒体D-loop区序列和Y染色体SNP三类标记分别从全基因组、母系和父系三个方面对中国水牛的遗传多样性和起源驯化进行了分析。
1.利用30个微卫星标记对19个中国沼泽型水牛群体、2个河流型水牛群体和1个黄牛品种共1040份样品进行了遗传多态性检测，通过计算各种遗传多样性指标、分析群体遗传分化程度和进行系统聚类，研究了中国水牛的群体遗传变异性和群体间遗传关系。
2.通过测序获得了90个中国沼泽型水牛和10个河流型水牛的线粒体D-loop区序列。统计分析表明，中国水牛的线粒体遗传变异性丰富，共发现68个突变位点，在沼泽型水牛和河流型水牛内分别检测到45和5个单倍型，其中沼泽型水牛的单倍型可以分为swⅠ和swⅡ两大母系，分别占76.7％和23.3％；各沼泽型水牛地方群体内都包含这两个母系，但其在不同群体内的比例变化未表现出明显的地理格局特点。
3.采用PCR产物直接测序方法获得了包含整个编码区在内的中国沼泽型水牛SRY基因共843bp的序列。通过与河流型型水牛SRY基因序列比对，发现其编码区202位碱基处存在1个错义意突变G/C，沼泽型水牛为G，河流型水牛为C。在此基础上，进一步采用PCR-SSCP方法，对我国地方沼泽型水牛和引进河流型水牛共124份样品进行了该突变的检测。