近几年兴起规划建设的城市群区域城际轨道交通作为城际之间新兴的交通方式，其具有的快速性和大容量，加强和促进了城际之间的联系和交流，同时该种交通模式的兴起也会在未来改变城市群区域城市体系的发展模式和人们的城际出行行为。由于城际铁路在我国还处于刚刚起步阶段，对于其规划、设计、建设和运营管理相关理论的研究还不够成熟，大部分都是借鉴国内外铁路和城市轨道交通的发展经验和相关理论。城际轨道交通网客流分配理论目前在实践和理论层面目前主要集中在适于小规模简单轨道网路网形态的最短路径分配模型，不能充分考虑城际轨道独特的运营特点、技术制式和城际出行行为等方面因素。本文首先基于城际轨道交通方式的主要技术功能特征的分析，研究城际轨道交通方式的交通功能特征；在分析城市群区域城际出行特征基础上，研究城际出行全程出行链特点，提出城际出行者出行行为的影响机理；充分考虑衔接换乘过程的影响因素，引入广义费用概念，建立基于广义费用均衡的城际轨道交通网客流分配模型；研究出行路段广义费用构成及其流量函数形式和参数标定方法，建立基于GIS系统的城际轨道交通出行网络拓扑方法，为模型的求解和应用提供基础和技术支撑；基于全有全无迭代分配算法，设置收敛条件和搜索方向，设计了求解算法；以粤东地区的城际轨道交通网的客流分配为实例，运用最短路径模型和本文模型进行了对比分析实例验证，验证了本文模型和理论体系的合理性和实用性。均衡理论基本原理及城市群区域高度发达的交通基础设施和信息化手段，会为本文模型提供坚实的理论前提，城际轨道网的网络规模效应、扩展兼容性及协调运营手段使得本文模型及理论体系具有广阔的应用前景。