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乙型脑炎病毒又称日本脑炎病毒(Japanese Encephalitis Virus, JEV),简称乙脑病毒,隶属于黄病毒科(Flaviviridae)黄病毒属(Flavivirus).按照病毒全基因组或部分基因组序列可以将乙脑病毒分为5个基因型(基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ).JEV GZ56毒株是我国于2006年首次从病毒性脑炎患者标本中分离得到属基因I型的乙脑病毒。JEV XZ0934毒株是我国于2009年从西藏采集到的蚊子中获得的属基因V型乙脑毒株,该毒株是继马来西亚于1952年从人患中分离获得的属基因V型乙脑毒株Muar后由我国第一次分离获得的属基因V型乙脑病毒。本研究分别从两只分别因感染JEV GZ56及XZ0934而致死的乳鼠脑部中分别获得JEV GZ56及XZ0934毒株,并分别对其进行空斑纯化以期获得纯化的JEV GZ56及XZ0934毒株,进而将这两株纯化的病毒设计为16个片段扩增获得它们的全基因组序列,从而通过现代分子生物学理论与技术测定和分析了这两株病毒的全基因组序列特征,以了解它们的致病性分子基础。本研究进而将JEV XZ0934毒株的基因组全长通过RT-PCR法分段扩增为两两叠搭的4个大片段,并分段克隆至具有多个限制性酶切位点的改造载体pACYC-MCS上,以期利用反向遗传学技术阐明该病毒的致病分子机理、研制重组病毒疫苗及开发基因工程载体。研究结果显示：JEV GZ56毒株的基因组全长为10965nt,编码3432个氨基酸。病毒全基因组分子进化分析显示JEV GZ56毒株的全基因组与国际上第一株从蚊虫分离的基因Ⅰ型乙脑病毒(M-28株)处于同一进化分支。GZ56株与其它基因Ⅰ型乙脑病毒核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.2%-98.6%和98.2%-99.7%。病毒E基因与乙脑病毒灭活疫苗株P3相比存在11个氨基酸差异位点,而与乙脑病毒减毒活疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白上存在14个氨基酸差异位点。JEV XZ0934毒株的基因组全长为10983nt,编码3432个氨基酸。病毒全基因组分子进化分析显示JEV XZ0934毒株的全基因组与国际上第一株从死患中分离的基因V型乙脑病毒(Muar株)处于同一进化分支。XZ0934株与GenBank中选择的23株乙脑毒株全基因组序列比较发现,其核苷酸和氨基酸总体同源性分别为78.8%-90.7%和90.0%-98.3%；其中,XZ0934株与Muar株的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7%和98.3%；与GZ56株的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.4%和91.2%。病毒E基因与乙脑病毒灭活疫苗株P3相比存在47个氨基酸差异位点,而与乙脑病毒减毒活疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白上存在52个氨基酸差异位点。改造载体pACYC-MCS构建成功,其全长为2467bp,具氨苄抗性且在多克隆位点(MCS)处具23个限制性内切酶；经RT-PCR扩增所得的JEV XZ0934毒株的4个大片段的长度分别为：2418bp、3002bp、2607bp、2983bp;且测序结果表明,该病毒的基因组全长已连接至改造载体pACYC-MCS上,所得pACYC-MCS-XZ0934的基因组全长为13450bp。