随着我国医疗服务体系的建立和不断完善，密切联系着国计民生问题的医药制造业，逐渐突显了其不可替代的市场地位。技术创新，是企业生存发展和不断获得核心竞争力的关键，尤其是对于知识密集型的医药制造业来说，企业的技术创新水平，直接影响着其行业地位和长期发展。　　 本文首先回顾了研究基础——技术创新理论，然后对国内外学者关于技术创新（专利）与企业绩效之间关系的研究进行回顾和总结，同时对我国制药行业进行了横向及纵向的分析。在此基础上，选取我国沪深两市27家中药上市企业和35家化学药上市企业为研究对象，构建了1995-2010年的财务数据库和专利数据库，运用统计方法对两个子行业的专利情况进行分析和比较后，运用回归分析方法，分别对两个子行业的三类专利的累积申请量与企业绩效的关系进行研究；同时，还分别对两个子行业中t-4年至t+2年各个时点的三类专利申请量对企业绩效的影响进行了时滞研究。最后，根据研究结果提出政策性建议。　　 研究结果表明，中药制造企业的发明和外观设计专利累积申请量与营业收入显著正相关，且发明专利的影响更大；外观设计专利的累积申请量与营业利润显著正相关。化学药制造企业，只有发明专利累计申请量与营业收入和营业利润显著正相关，而另外两类专利的作用不显著。时滞研究结果表明，在两个子行业内，三类专利在不同时点的申请量对营业收入和营业利润都具有滞后性的影响，其中，对化学药制造企业的影响略高。三类专利申请量的滞后性影响，在中药制造企业内呈现了一定规律性，而在化学药制造企业内缺乏规律性。