建设粤港澳大湾区作为我国的国家发展战略,现阶段湾区内各城市的创新能力空间分布差异明显、创新资源共享不足未能实现优势互补、创新机制体制仍不完善,这些问题严重阻碍了粤港澳大湾区的创新发展。因而需要通过了解粤港澳大湾区创新能力的空间分布及其影响因素,以此为依据提出关于提高粤港澳大湾区创新能力、推动粤港澳大湾区协同创新发展的政策建议。在现有文献研究的基础上,本文采用相似数据指标作为替代、和比例形式的指标数据等方法从一定程度上解决粤港澳三地统计数据指标和统计口径的客观差异问题,再确定以邻接空间权重矩阵赋予的城市创新能力空间依赖关系、以万人专利申请量表征城市创新能力。基于2009-2019年粤港澳大湾区11市的面板数据,先是采用的全局Moran’s I指数、局部Moran’s Ii指数、Moran散点图等探索性空间数据分析法对粤港澳大湾区创新能力的空间关联与空间聚集的现况以及变化趋势进行研究分析,再选用空间滞后模型对粤港澳大湾区创新能力的影响因素进行检验分析。研究显示,第一,在总体上近年来粤港澳大湾区创新能力存在显著的负空间自相关,随着时间的推移其空间关联性在逐渐增强。但大湾区11市中只有香港、澳门、深圳存在较为显著的负空间自相关,其余城市创新能力空间关联性并不明显。第二,粤港澳大湾区11市中城市创新能力大多数落在低高聚集区和高低聚集区,出现城市创新能力高低差异水平的大量聚集的情况。如2019年,城市创新能力落在高高聚集区的仅有东莞,落在低高聚集区的有香港、澳门、惠州、江门,落在低低聚集区的有肇庆,落在高低聚集区的有广州、深圳、珠海、佛山、中山。第三,粤港澳大湾区城市间的创新能力有明显的相互促进、辐射带动作用,即大湾区城市间的创新能力存在显著的正向空间溢出效应。第四,在提高粤港澳大湾区创新能力的因素中,在总效应上,经济发展水平和研发经费投入强度最显著,创新环境投入强度次之,而教育发展水平和对外开放水平不明显,甚至存在抑制作用;在分效应上,所有因素或变量的直接效应均大于其间接效应。此外,经济发展水平、研发经费投入强度、以及创新环境投入强度等三个因素均存在显著的正向空间溢出效应。基于实证研究结论,提出相关政策建议:一是加强城市间的创新合作与交流,增强核心城市的创新空间溢出效应;二是适当加大创新资源投入,优化粤港澳大湾区创新能力空间差异格局;三是加快体制机制改革与创新规则衔接,打破大湾区制度异质性壁垒;四是加强粤港澳三地的产学研协同发展,真正推动大湾区的协同创新发展。